Поэтому фанариоты, которые после смерти патриарха Афанасия V стремились провести на Иерусалимскую кафедру своего кандидата от Константинопольской патриархии с целью установления контроля над доходами Святогробского братства, теперь рассчитывали подчинить своему влиянию Кирилла II и были заинтересованы в его пребывании в Константинополе. Члены Святогробского братства, привыкшие в прежние десятилетия самочинно управлять делами Иерусалимской патриархии в отсутствие первоиерарха, также не желали переезда Кирилла II в Иерусалим, боясь изменений в привычном укладе. По документам Архива внешней политики Российской империи исследователи сделали вывод, что Кирилл II на первом этапе патриаршества был склонен, скорее, пойти по традиционному пути и жить в столице Османской империи. Однако этому воспротивились российские дипломаты, которые настаивали на присутствии Кирилла II в Иерусалиме для непосредственного руководства церковными делами и ослабления связей с Фанаром. По свидетельству К.М. Базили, он «неоднократно объяснял все выгоды пребывания его в самом Иерусалиме и, наконец, (выразил) Его Блаженству желание Высочайшего Двора, чтобы он по каноническим правилам имел своё постоянное местопребывание у Святого Гроба (Архив внешней политики Российской империи). Под влиянием российских дипломатов Кирилл II остался после интронизации в Иерусалиме и приказал перевезти из Константинополя патриаршую ризницу. Но уже в сентябре 1845 г. К.М. Базили получил тайный донос от секретаря Синода ИПЦ архимандрита Никифора («под заклятием показать мне и при мне же сжечь»), содержавший пересказ письма Иерусалимского патриарха Константинопольскому патриарху Мелетию III. Ему Кирилл II «добровольно подчиняет свой престол, предлагая даже составить по прибытии своём в столицу комитет из мирян для заведования казною святогробскою, которую называет в этом письме казною народною. В этом же письме он горько жалуется на вмешательство России по бывшему делу о выборе патриарха и по доходам в княжествах. В такрире Кирилла к Высокой Порте не упоминается о России, но намёками выражается желание, чтобы её вмешательство было ограничено» (Донесение К.М. Базили российскому посланнику в Константинополе Владимиру Павловичу Титову от 24 сентября 1845 г. // Архив внешней политики Российской империи). Кирилл II пробыл в первый раз в Иерусалиме до декабря 1849 г., пока вопросы о доходах с молдо-влахийских подворий не потребовали его присутствия в Константинополе. Что касается взаимоотношений Кирилла II и подчинённого ему клира, то на протяжении практически всего времени патриаршества ему приходилось действовать в условиях недовольства им иерусалимского святогробского духовенства. Одной из причин напряжённых отношений были изменения в церковном управлении: из-за пребывания Кирилла II в Иерусалиме «нужда в патриаршей епитропии прежнего назначения миновала, а Святогробское братство, раньше влиявшее на ход церковного управления при посредстве епитропии, теперь имело своё представительство лишь при участии Священного Синода».