По этой причине церковь была вверена Христом лишь одному ученику, и это первенство является наследуемым. Противление папскому примату, вызываемое завистью к его власти, а не ревностью в вере, ведёт к расчленению Тела Христова, делая его подобным армии без главнокомандующего. Взаимные обвинения в ереси и разделение греков и латинян ведут и к трудностям христианской миссии. Согласно Димитрию Кидонису, нет никаких оснований для утверждения, что в случае потери Римом своих позиций его место займёт Константинополь. Недостаточно второго места, чтобы занять первое, здесь наследование отличается от светской модели: если бы церковное первенство зависело от избрания, то потребовались бы очередные выборы, поскольку права Константинополя стали бы оспаривать Александрия и Антиохия. При отсутствии духовного лидера, признанного божественными законами, единая церковь превратилась бы в бесконечное множество церквей. Примеры этого можно видеть у греков: новшества в вере, споры, каждый живёт, следуя своему мнению. Аналогичные аргументы в защиту папского примата (по большей части не политического, но богословского характера) Димитрий Кидонис приводит уже от своего лица в Апологии 3 и в «Духовном завещании». В Апологии 1 Filioque признаётся главной доктринальной причиной разделения церквей. Исследуя эту проблему, Димитрий Кидонис выделяет помимо Священного Писания три группы сочинений: писания греческих и латинских отцов церкви, богословские сочинения авторов последних пяти веков и современные Димитрию Кидонису трактаты. Говоря о первой группе святоотеческих творений, Димитрий Кидонис находит, что, в основном, они согласны друг с другом, различаясь лишь языком. Сочинения греческих авторов, написанные после фотианской схизмы, Димитрий Кидонис ставит ниже латинских, поскольку им присущи ясность аргументации и более сильные доводы в защиту истины. Что касается современных Димитрию Кидонису греческих авторов, то, по его словам, в сочинении о Святом Духе Нил Кавасила изменил своё прежнее благоприятное отношение к силлогизмам и уважение к Фоме Аквинскому на противоположное, однако аргументы Нила Кавасилы годились разве что для проповеди новообращённым. Таким образом, ни писатели последних веков, ни современные не были способны выдвинуть достаточно убедительные доказательства в защиту своей позиции (об этом же Димитрий Кидонис говорит и в Апологии 2; более подробное богословское объяснение даётся в Апологии 3). «Италийское» учение об исхождении Святого Духа от Отца и Сына должно пониматься как одно исхождение от одного источника – и ни в каком ином смысле. «Наши же» (т.е. греческие) «предстоятели» учили о том же самом, но в иных словах, говоря «от Отца через Сына», добавляя «от Сына» как и «от Отца», что Дух исходит «из сущности Отца», и «изливается от Сына как и от Бога и Отца», и т.д. При этом выражение «быть от Сына» предпочтительнее «исхождения от Сына» как более ясное и менее подверженное софистическим перетолковываниям (защите Filioque посвящена также первая часть «Духовного завещания» Димитрия Кидониса). Уже много позже смерти Димитрия Кидониса Геннадий II Схоларий, характеризуя в целом сочинения Иоанна Векка, Димитрия Кидониса и Мануила Калеки в защиту латинского богословия, говорит, что они «развратили» многих его соотечественников, посеяв в них смятение. Подавляющее большинство переводов с латыни было сделано Димитрием Кидонисом с актуальными полемическими целями. Трактат Рикольдо Пеннини да Монтекроче был посвящён антимусульманской полемике, как и сочинине «Об обосновании веры» («De rationibus fidei») Фомы Аквинского.