Поскольку наиболее значительные оригинальные богословские сочинения Димитрия Кидониса до сих пор не изданы, его богословие, его своеобразие и степень зависимости от католических авторов остаются недостаточно изученными. Основные черты богословия Димитрия Кидониса излагаются, главным образом, с учётом его «Апологий» и «Духовного завещания». Общие основания богословия Димитрия Кидониса реконструированы, указаны первоисточники и приведены цитаты на языке оригинала. Первичными и наиболее важными для богословия являются вера и откровение. Источниками последнего служат Священное Писание, святоотеческое предание и церковные Соборы. На непогрешимых богооткровенных или самоочевидных истинах могут строиться столь же истинные логические выводы. Однако в богословском исследовании недостаточно простых силлогизмов из-за погрешимости человеческого разума. Поэтому непогрешимостью здесь пользуются лишь святые богодохновенные и богопросвещённые отцы. Признавая первенствующее значение богооткровенных истин и богопросвещённых святых отцов, нельзя в то же время, согласно Димитрию Кидонису, принижать человеческий разум, который в общей иерархии существ приближает человека к ангелам и Богу и отличает от животных. Поскольку человеку даны Богом и вера, и разум, они не могут противоречить друг другу, но в согласии друг с другом приводят человека к истине и причине всех вещей – к Творцу. Тем самым в гносеологии Димитрий Кидонис признавал как аподиктические, так и диалектические силлогизмы. Эта позиция Димитрия Кидониса отличалась от мнения Варлаама, отрицавшего в полемике с томистским рационализмом аподиктические силлогизмы естественного человеческого разума и признававшего только диалектические, выводимые из истин, открытых в Писании и у отцов церкви; от мнения Григория Паламы, относившего оба типа доказательств не к сфере рациональных утверждений, но диалектические – к тварному миру, а аподиктические – к божественному, утверждавшего, что в богословии допустимы только аподиктические силлогизмы, основанные на откровении, и тем самым отказывавшего человеческому разуму в естественной способности познания Бога; и, наконец, от мнения Нила Кавасилы, соглашавшегося с Варлаамом в отрицании аподиктических силлогизмов и с Григорием Паламой в недопустимости диалектических силлогизмов в богословском дискурсе и тем самым исключавшим из богословия оба типа силлогизмов. Практическим приложением этих принципов стали методы научной дискуссии, принятые Димитрием Кидонисом, а именно: предварительное исследование проблемы и предыдущих работ; отделение важного от второстепенного; честное, аргументированное и логичное исследование всех доводов за и против; стремление к поиску одной лишь истины; отвержение любопрений ради победы в споре и любых аргументов ad hominem, включая этническую принадлежность оппонента и язык, на котором он говорит; в случае невозможности решить рассматриваемый вопрос временное принятие нейтральной позиции. В числе наиболее почитаемых «общих отцов (учителей)» у Димитрия Кидониса фигурируют не только греческие (святители Афанасий Александрийский, Василий Великий, Григорий Богослов, Иоанн Златоуст, Кирилл Александрийский), но и латинские отцы церкви (святители Иларий Пиктавийский, Иероним Стридонский, Амвросий Медиоланский, Августин Гиппонский, Лев и Григорий Великие).