Подписанием мирного договора с Таммани, лидером племени делаваров, начался почти полувековой «священный эксперимент» («Holy Experiment») государства квакеров, построенного полностью на их принципах, которые определяли политику колонии до начала Семилетней войны (1754–1763 гг.), когда англичане противостояли французам и индейцам. Верные своим базовым принципам мира и заключённому с индейцами договору, квакеры оказались в крайне сложной ситуации. Имея большинство в законодательном собрании Пенсильвании, они не поддержали начатую британской короной войну и пытались выступить посредниками между индейцами и колонистами, хотя опасность угрожала квакерам с обеих сторон. Вместо военных экспедиций против индейцев они оказывали медицинскую помощь всем раненым в военных действиях. Начало войны вызвало политический кризис в ассамблее Пенсильвании, где квакеры во главе с владельцем колонии Т. Пенном (сыном У. Пенна) доминировали. В результате стычек с индейцами погибло много колонистов ирландского и немецкого происхождения, поэтому их делегаты в ассамблее были недовольны многолетней пацифистской позицией квакеров. Хотя квакеры отказывались носить оружие, они под давлением других колонистов были вынуждены выделить денежные средства на военные расходы для защиты внешних границ, хотя раньше выступали против сбора налогов даже на содержание полиции. Это привело к усугублению конфликта с представителями немецких и шотландско-ирландских переселенцев, противостояние в руководстве колонии продолжалось несколько лет. Так как решение квакеры принимали всеобщим «единством в духе» (т.е. если хотя бы один человек против, решение отклоняется), то, даже имея большинство в ассамблее, квакеры не смогли утвердить отказ от участия в военных действиях. Кризис завершился в 1756 г. с уходом всех квакеров из законодательного собрания Пенсильвании. В 1758 г. Филадельфийское годовое собрание квакеров рекомендовало своим членам «опасаться принимать новые или выполнять прежние обязанности в обществе или правительстве», если они потребуют действий, несовместимых с квакерскими свидетельствами. Отойдя от руководства в колонии, ставшей вскоре провинцией, а впоследствии штатом, квакеры активно участвовали в акциях протеста против рабовладения и дискриминации женщин, вели борьбу против жестокого обращения с индейцами и афроамериканцами. После окончания Гражданской войны в Америке квакеры поддерживали освободившихся рабов в борьбе за основные гражданские права. Ещё более сложная ситуация возникла во время Войны за независимость США (1775–1783 гг.), когда квакеры провозгласили нейтралитет между воюющими сторонами и заявили о неучастии в политике. Квакеры собирали деньги для оказания помощи и организации поставок продуктов населению, страдавшему от военных действий. При этом, хотя большинство квакеров принципиально отказывались участвовать в войне, общины квакеров изгнали тех, кто взялись за оружие, служили в армии или занимали политические посты, были и примеры участия квакеров в борьбе за независимость, в основном, на стороне американской революционной армии. Изгнанные из общин, эти квакеры объединились в группу «свободных или сражающихся» квакеров и создали свой молитвенный дом. Тем не менее, воюющие стороны враждебно относились к квакерам.