Преследования квакеров характерны для всего XVII в.: и для времени Республики, и для периода Протектората Кромвеля (1653–1658 гг.), и после реставрации Стюартов. Между 1650 и 1687 гг. около 13 тыс. квакеров были заключены в тюрьмы, 198 сосланы на каторгу, 338 умерли в местах заключения или скончались от полученных во время избиений ран. После прихода к власти короля Карла II в конце мая – начале июня 1660 г. Дж. Фокс был арестован и посажен в тюрьму в Ланкастере как «подозреваемый в том, что является постоянным нарушителем мира в обществе, врагом королю и главным зачинщиком квакерской секты и за то, что вместе с другими такими же, как он, фанатиками недавно попытался поднять восстание и ввергнуть всё королевство в кровопролитие». Тогда же были арестованы Александр Паркер и др. Эти аресты побудили квакеров разработать идеологическое обоснование принципов своей веры, т.к. часто им вменялись в вину действия, противоположные их убеждениям. Последовательница Дж. Фокса (в будущем его супруга) Маргарет Фелл написала властям, что он не виновен ни в одном из предъявленных ему обвинений. В Лондоне она добилась встречи с королём Карлом II и заявила, что готова «жизнью своей поручиться за миролюбие... всех “друзей” и за их веру». «Декларация Божиих людей, именуемых квакерами», составленная М. Фелл и подписанная 13 известными квакерами (Дж. Фокс, Самуэль Фишер, Р. Хабберторн, Дж. Стаббс и др.), была вручена королю 22 июня 1660 г. В ней говорилось: «Мы, люди, которые следуют принципам, ведущим к миру, любви и единству. Мы желаем, чтобы и другие шли таким же путём, и мы отвергаем и свидетельствуем против всякой борьбы, войн и раздоров... Наше оружие не плотское, но духовное». 6 января 1661 г. произошло вооружённое восстание милленариев (см. ст. Милленаризм), которое было жестоко подавлено, репрессии коснулись всех инакомыслящих. 12 января того же года был вновь арестован Дж. Фокс, на следующий день произведены массовые задержания квакеров во время богослужения. Собрания квакеров наряду с собраниями баптистов и других диссидентов были запрещены, в тюрьмы заключены тысячи квакеров, которых арестовали по обвинениям в подготовке беспорядков. В ответ через несколько дней последовала «Декларация безобидных и безвинных людей Божиих, именуемых квакерами, против всех заговорщиков и бойцов в мире», подписанная Дж. Фоксом, Р. Хабберторном и др., которая до настоящего времени остаётся официальным документом, выражающим отношение квакеров к вопросам войны и мира и к власти предержащей. 21 января 1661 г. документ был представлен королю Карлу II и его совету. Вскоре появились трактаты Э. Барроу, А. Пенингтона, У. Смита, У. Бейли, провозглашавшие мирную доктрину движения квакеров. Наиболее последовательно она была обоснована в труде Роберта Баркли «Апология истинного христианского богословия», опубликованном на латыни в 1676 г. в Амстердаме. В течение двух веков эта книга оставалась основным учебником квакерской веры и практики. Однако правящая династия не признала квакеров как миролюбивое христианское течение, напротив, обнаружив среди квакеров приверженцев радикальных религиозных групп, власти рассматривали квакеров как объединение сектантов и заговорщиков против правительства.