Униатские священники западного Подолья не принимали догмат о Filioque, отказывались признавать римско-католические праздники Тела Христова, Сердца Иисуса и др. К началу XVIII в. западное Подолье полностью приняло унию. В восточном Подолье (на Брацлавщине) и в южной Киевщине этот процесс активно шёл на рубеже 1710 и 1720 гг., после переселения казаков с Брацлавщины на Левобережную Украину и упразднения Брацлавского полка. Но и в условиях гонений в отдельных районах Подолья строились православные храмы. Так, по благословению Переяславского епископа Кирилла (Шумлянского) игумен Маньковского монастыря Арсений (Беляшевский) в 1718 г. поставил Успенскую церковь в селе Иваньки, в 1720 г. по благословению епископа Кирилла была перестроена Рождество-Богородицкая церковь в местечко Лукашовка. Несмотря на переход в унию, многие священники как на востоке, так и на западе Подолья отвергали католические догматы, ездили в паломнические поездки в Киев, поддерживали контакты с православными священниками Левобережной Украины, отправляли сыновей на учёбу в православные учебные заведения Киева. В 1745 г. каменецкий консисторский суд вынес обвинение гусятинскому декану Стефану Лукашевичу за то, что тот ездил в Киев для покупки «схизматического» Евангелия. В 1760 г. униатскому священнику Иакову Стемпуровскому, служившему в местечке Гусятин, был сделан выговор за использование книг киевской печати. В 1753 г. указом Каменецкой консистории священник села Чернокозинцы Афанасий был подвергнут полугодичному заключению в карцер. Вина униатского священника заключалась в том, что он послал сына на учёбу в Киев, жену и дочерей отпускал для поклонения киевским святыням, разрешал прихожанам ежегодно ездить в паломничество в Киев. В начале 1720 гг. униатский Львовский и Каменецкий епископ Афанасий Шептицкий отказывался выдавать униатским приходам Брацлавщины антиминсы, ссылаясь на то, что Львовские епископы со времени Иосифа (Шумлянского) не имеют над ними власти. 7 декабря 1720 г. в Замостье (ныне Замосць, Польша) Афанасий Шептицкий опубликовал заявление с отказом от притязаний на Брацлавщину, ссылаясь на письмо Иосифа (Шумлянского) от 20 апреля 1694 г., в котором тот Брацлавскую, Винницкую, Немировскую, Чудновскую, Коростышевскую и Житомирскую протопопии «причислил к консистории митрополитанской». Однако уже в 1723 г. Афанасий Шептицкий активно вмешивался в дела униатов восточного Подолья и провёл в Баре Собор с целью присоединения к унии остававшихся в православии приходов. В 1729–1746 гг., когда Афанасий Шептицкий был униатским Киевским митрополитом, шла интеграция приходов Брацлавщины и южной Киевщины во Львовскую епархию, для них была создана общая консистория. В 1749 г. униатский Киевский митрополит Флориан Гребницкий отправил папе отчёт, в котором сообщил, что в Брацлавском воеводстве имеется 11 униатских деканатов и 498 храмов. Униатскими приходами восточной Брацлавщины управлял официал Киевского митрополита, чья резиденция, как и резиденция митрополита, находилась в городе Радомышле. Существовал с перерывами также Брацлавский официалат («официальский уряд», в документах 1748–1762 гг. обозначался как «Брацлавская епархия», «Брацлавская консистория митрополии»).