В начале XVII в. в ходе борьбы против унии в Подолье были учреждены новые обители: в частности, в 1616 г. в Виннице был создан Преображенский мужской монастырь. К началу XX в. в Подолье сохранялись древнейшие православные храмы: Иоанно-Предтеченская (конец XVI в.) и Петропавловская (1580 г., сохранилась до настоящего времени) церкви в Каменце-Подольском, Покровская церковь (конец XV в., сохранилась до настоящего времени) в селе Сутковцы современного Ярмолинецкого района Хмельницкой области, Троицкая церковь (1521 г.) в местечке Зиньков (ныне село Виньковецкого района Хмельницкой области), Иоанно-Богословская церковь (1659 г.) в селе Щедрова (ныне посёлок Летичев Хмельницкой области), церковь великомученицы Параскевы (1675 г.) в селе Паланка (ныне Томашпольского района Винницкой области). Не позднее 1618 г. в унию перешли православные священники Матфей и Андрей из Шаргорода, грамоту с осуждением деятельности которых 30 сентября этого года издал Львовский епископ Иеремия (Тиссаровский). В августе 1621 г. казаки убили шаргородского униатского протопопа Матфея, после его смерти униатская протопопия продолжала существовать. В 1626 г. в Шаргороде служил протопоп-униат Андрей Копытинский, тогда же в городе жили два православных священника, так что полного отпадения Шаргородской протопопии в унию не было, хотя униатам покровительствовал местный магнат Томаш Замойский, который грамотой от 3 августа 1622 г. освободил принявших унию жителей Шаргорода от всех налогов и повинностей. В других частях Подолья священники и прихожане исповедовали православие. Митрополит Иов (Борецкий), управлявший церквами Брацлавщины, 9 ноября 1626 г. учредил Воскресенское братство в Немирове. В XVII в. в Каменце исследователям были известны православные братства: при кафедральной Троицкой церкви (с 1603 г.), при Иоанно-Предтеченской церкви (с 1606 г.), при Покровской церкви (с 1672 г.). 2 апреля 1635 г. король Владислав IV Ваза дал грамоту шляхтичу М. Кропивницкому на основание в Виннице православного Благовещенского женского монастыря. При обители была учреждена школа, которая в 1639 г. была выведена из Винницы по требованию иезуитов. Акт 1641 г. об избрании православным епископом Львовским и Каменецким Арсения (Желиборского) подписали четыре протопопа (наместника), заведовавшие приходами Подолья: Фёдор, наместник Каменца-Подольского, с духовенством и членами трёх братств, летичевский наместник Родион, черневецкий наместник Михаил и меджибожский наместник Иоанн. В 1672–1699 гг. Подолье было оккупировано турками, Каменец-Подольский был столицей Каменецкого эйялета (провинции Османской империи). Все самые крупные православные и католические храмы города (не меньше семи) были обращены в мечети, большинство местного населения покинуло город. В период турецкой оккупации в Каменце были разрушены три костёла, пять православных церквей, два главных армянских храма. Из уцелевших церквей три были оставлены православным, одна – католикам, одна – армянам, остальные были закрыты и использовались турками в хозяйственных целях. Аналогичная ситуация наблюдалась и в другом крупном городе Подолья – Шаргороде, переименованном турками в Малый Стамбул и, как и Каменец, превращённом в один из центров распространения ислама.