Окончательно границы Подольской епархии были утверждены указом от 31 июля 1799 г., когда принадлежавшие Подольской епархии Дубенский, Кременецкий и Староконстантиновский уезды Волынской губернии были отнесены к Волынской и Житомирской епархии. С того времени границы Подольской епархии соответствовали границам Подольской губернии. В 1804 г. Подольская губерния была разделена на 12 уездов с центрами в городах Балта, Брацлав, Винница, Гайсин, Каменец, Летичев, Литин, Могилёв, Ольгополь, Проскуров, Ушица, Ямполь. Подольская епархия до начала XX в. включала территории пяти современных епархий: Винницкой и Могилёв-Подольской, Каменец-Подольской и Городокской епархии, Тульчинской и Брацлавской, Хмельницкой и Староконстантиновской, Шепетовской и Славутской. Без территориальных изменений Подольская губерния просуществовала до 1921 г., когда Балтский уезд отошёл Одесской губернии. В 1923 г. уезды были ликвидированы и вместо них введены районы и округа. Подольская губерния делилась на Винницкий, Гайсинский, Каменец-Подольский, Могилёв-Подольский, Проскуровский, Тульчинский, Шепетовский округа. В 1920–1925 гг. центром Подольской губернии была Винница. В Молдавскую АССР, образованную в составе Украинской ССР постановлением Всеукраинского ЦИК от 12 октября 1924 г., вошли части бывших Балтского и Ольгопольского уездов, в конце 1920 гг. административно оформленные как Балтский, Каменский, Окнянский и Рыбницкий районы. В конце 1920 гг. восток бывшей Подольской губернии отошёл другим регионам Украинской ССР и соответственно другим епархиям: бывшие местечки Севастьяновка, Ивангород, Голосково – Киевской области (ныне в Черкасской области), образованной в 1939 г. Кировоградской области отошли местечки Юзефполь (ныне Осиповка), Голованевск, Николаевской области перешли местечки Богополь, Кривое Озеро и Конецполь. После образования в 1932 г. в пределах бывшей Подольской губернии. Винницкая область, куда вошла территория современной Хмельницкой области, границы Подольской епархии соответствовали границам Винницкой области. В 1933 г. центр Подольской епархии переместился в Винницу. 22 сентября 1937 г. от Винницкой области была отделена Каменец-Подольская область, административным центром которой сначала был Каменец-Подольский, с мая 1941 г. – Проскуров, в 1954 г., после переименования областного центра, область получила современное название – Хмельницкая. В 1945–1946 гг. в границах Каменец-Подольской области была создана православная епархия, отдельная от Винницкой. Современное епархиальное деление исторической области Подолье сформировалось на рубеже 1980 и 1990 гг. Каменец-Подольская и Городокская епархия была учреждена решением Священного Синода УПЦ от 22 июня 1993 г. в результате разделения Хмельницкой и Каменец-Подольской епархии. До XIV в. территория Подолья известна исследователям в источниках как Понизье или Побужье. В летописях упоминаются первые города Подолья, входившие в Галицко-Волынское княжество (см. Галицкая Русь): Теребовля (1097 г.), Меджибож (1146 г.), Божск (1146 г.), Ушица (1159 г.), Микулин (1189 г.), Бакота (1240 г.), Калюс (1240 г.), Смотрич (1240 г.). Древним центром Подолья был город Бакота (ныне окрестности села Гораевка Каменец-Подольского района).