Переезд в Вильнюс и «советизация» университета негативно сказались на положении Л.П. Карсавина, который воспринимался не как желательный, а лишь как терпимый преподаватель университета; он не читал больше курсов по истории Европы, но лишь курсы по истории Востока и Египта, а с 1945 г. – только курс эстетики; докторскую степень и профессорское звание, полученные в 1916 г. в Санкт-Петербурге, ему пришлось заново подтверждать, однако после подтверждения степени он покинул университет. С 1944 г. Л.П. Карсавин – сотрудник Художественного музея в Вильнюсе, с 1947 г. – его директор, работал здесь до ареста 9 июля 1949 г. Л.П. Карсавин содержался под стражей в тюрьме №1 в Вильнюсе; архив его был изъят и в значительной части уничтожен. 4 марта 1950 г. особым совещанием при МГБ СССР Л.П. Карсавин был осуждён по статьям 58-4 и 58-10 части I УК РСФСР за связь с евразийским движением и попытку свержения советской власти и приговорён к десяти годам лагерей. 21 марта местом отбытия наказания был назначен Минеральный лагерь (посёлок Абезь, Коми АССР). 20 апреля 1950 г. произошло объявление приговора. Наиболее известным и достоверным источником по истории жизни и творчества Л.П. Карсавина этого времени являются мемуары его ученика Анатолия Анатольевича Ванеева «Два года в Абези». «Карсавин устраивался полусидя в кровати, – вспоминал А.А. Ванеев. – Согнутые в коленях ноги и кусок фанеры на них служили ему как бы пюпитром. Осколком стекла он оттачивал карандаш, неторопливо расчерчивал линиями лист бумаги и писал – прямым, тонким, слегка дрожащим почерком. Писал он почти без поправок, прерывая работу лишь для того, чтобы подточить карандаш или разлиновать очередной лист бумаги. Прежде всего, был записан Венок сонетов, сочинённый на память в следственной тюрьме... Закончив работу над сонетами, Карсавин продолжил стихотворное выражение своих идей в терцинах, после чего написал комментарий к своим стихам. Это была любопытная авторская находка: через самокомментирование происходит как бы встреча с самим собой, открываются необычные возможности для выражения мысли. Затем Карсавин написал ряд статей». Последовательность текстов, написанных Л.П. Карсавиным в заключении, в настоящее время реконструирована, однако часть из них утрачена. Это «Венок Сонетов», «Терцины», «Комментарий к Сонетам и Терцинам», «О Молитве Господней», «О Символе веры» (текст не сохранился), «О бессмертии души», «Об апогее человечества» (текст сохранился частично), «Когда Курбе и Милле…», «По поводу рефлексологии и споров о ней», «Об искусстве», «Душа и тело» (по-литовски), «О совершенстве» (по-литовски), «Молитва» (авторство под сомнением). Несмотря на трагический контекст создания, эти работы знаменуют отдельный, итоговый этап творчества: именно в Абези для Л.П. Карсавина происходит поворот от философии культуры и философии истории – к «чистой» философии, к онтологии и метафизике субъекта («О совершенстве»). Л.П. Карсавин умер от миллеарного туберкулёза. Похоронен на лагерном кладбище посёлка Абезь.