В Каунасе Л.П. Карсавин вызывал неприязнь как нелитовец, человек, не являющийся носителем литовского языка, и некатолик, позволивший себе в статьях середины 1920 гг. резкие выпады против католицизма, что вызвало ещё до переезда Л.П. Карсавина в Литву бурную дискуссию на страницах газет «Lietuva» и «Rytas». Прелат, преподаватель университета в Каунасе и крупный деятель национального возрождения Адомас Якштас-Домбраускас резко отреагировал на приглашение Л.П. Карсавина. Неприязнью католиков к Л.П. Карсавину и желанием защитить его от нападок обусловлен апологетический тон письма коллеги Л.П. Карсавина, профессора Владимира Семёновича Шилкарского. Решив сгладить острые углы, В.С. Шилкарский полностью обходит стороной участие Л.П. Карсавина в евразийском движении и его основные философские сочинения петербургского, берлинского и парижского периодов, т.е. «Восток, Запад и русская идея», «Философия истории», «Евразийство», «Церковь, личность и государство», отмечая преимущественно деятельность Л.П. Карсавина-историка, специалиста по европейскому Средневековью (из философских работ упомянута только работа о Джордано Бруно). С точки зрения В.С. Шилкарского, «этот крупный историк и превосходный преподаватель неприемлем для них как человек, и с кафедры, и в печати открыто исповедующий, что между учением Христа и положительным научным знанием не только нет противоречия, но существует глубокая и полная гармония». Результатом дискуссии стало итоговое письмо Л.П. Карсавина к А. Якштас-Домбраускасу, где он объясняет свою позицию по отношению к православию и католицизму после того, как А. Якштас-Домбраускас ознакомился с рекомендованными ему трудами Л.П. Карсавина. «Моя точка зрения такова, – писал Л.П. Карсавин, – наше православное мировоззрение для нас, православных, в себе самом содержит противоядие против того, что со стороны кажется, грубо говоря, пантеизмом. Равным образом, думаю, и католическое миросозерцание для католика чуждо формального и внешнего подхода к вопросам веры. Но, если католик, оставаясь католиком, старается понять православие, для него оказывается «вредным» дух свободы и «пантеистический уклон». …Здесь два разных религиозных типа, одинаково ценных и нужных в полном христианстве, но друг с другом не сводимые». Избрание Л.П. Карсавина ординарным профессором по кафедре всеобщей истории Гуманитарного факультета состоялось в ноябре 1927 г. тайным голосованием Совета факультета. 26 января 1928 г. Л.П. Карсавин прочитал в Каунасе публичную лекцию, посвящённую теории истории. В первый же год овладев литовским языком, Л.П. Карсавин стал одним из наиболее ярких преподавателей Каунасского университета; читал как общие («История Средних веков», «История XIX века», «История Нового времени»), так и специальные курсы («История Римской империи», «Ренессанс и Реформация», «История XVIII–XIX веков: революция и империя», «Теория государства» и др.). Вместе с В.Э. Сеземаном принял участие в создании Каунасского религиозно-философского кружка. В 1928–1929 гг. вышли две важнейшие работы Л.П. Карсавина по онтологии и по философии истории: «ΠΕΡΙ ΑΡΧΩΝ» (в Мемеле, на немецком языке) и «Istorijos teorija» («Теория истории»; в Каунасе, на литовском языке). Последняя работа представляет собой дополненный и переработанный вариант «Теории истории» 1920 г. с дописанной главой о литовской истории. Эти труды дополняет книга «О личности» (1929 г.) – наиболее отчётливое изложение персонализма Л.П. Карсавина.