В 1645 г. генеральный капитул Ордена принял единую конституцию для кармелитов, следовавших принципам Никола Оде, и для кармелитов, соблюдавших строгие правила затворничества созерцательных монастырей. С 1681 по 1698 гг. между кармелитами и иезуитами велись ожесточённые споры, вызванные публикацией болландистом Даниилом Папебруком (Папеброхом) Жития Альберта Иерусалимского в издательстве «Acta Sanctorum», где отрицалась средневековая легенда об основании Ордена кармелитов пророком Илиёй. По настоянию кармелитов в 1695 г. испанская инквизиция запретила как еретические все вышедшие тома «Acta Sanctorum». В 1698 г. папа Римский Иннокентий XII обязал кармелитов и иезуитов «сохранять молчание» о предмете спора, не высказавшись в пользу какой-либо стороны. В 1725 г. папа Римский Бенедикт XIII разрешил кармелитам поместить статую пророка Илии в соборе св. Петра в Риме среди скульптур основателей других монашеских Орденов. В 1765 г. Орден состоял из 46 провинций, в которых было около 800 мужских монастырей и насчитывалось 15 тыс. монахов, а также числилось около сотни женских обителей, бóльшая часть которых находилась в юрисдикции местных епископов. С середины XVIII в. из-за антиклерикальной политики в некоторых европейских странах численность мужских и женских монастырей кармелитов и количество их насельников сократились. В Священной Римской империи германской нации в 1767 г. императрица Мария Терезия запретила принимать в монастыри кандидатов сверх штатных мест и приносить монашеские обеты до 24 лет. 12 января 1782 г. её сын император Иосиф II в рамках проводимой им церковной политики (см. Иозефинизм) издал рескрипт о закрытии монастырей, монахи которых не занимались благотворительной и социальной работой, затронувший кармелитов и другие созерцательные монашеские Ордены, а 24 марта того же года подчинил все монастыри в империи юрисдикции правящих епископов (ординариев). Значительная часть мужских и женских монастырей кармелитов была закрыта, их насельники переехали во французские и в немецкие обители. Во Франции в результате действий так называемой регуляционной комиссии, созданной в 1766 г. для сокращения числа бедных монастырей и ограничения количества монашествующих (запрещалось приносить монашеские обеты мужчинам до 21 года и женщинам до 18 лет), число «обутых» кармелитов уменьшилось с 1194 до 721. Во время Французской революции (1789–1799 гг.) Национальное собрание декретом от 13 февраля 1790 г. запретило деятельность всех созерцательных монашеских Орденов, в том числе кармелитов. 138 кармелитских монастырей во Франции были закрыты и разорены. В XIX в. кармелиты претерпели гонения и в других странах Европы (Бельгия, Нидерланды, Португалия, Испания, Российская империя). Конкордат, подписанный в 1801 г. наполеоном I Бонапартом и папой Римским Пием VII, способствовал улучшению положения Римско-католической церкви; возобновилась деятельность Орденов, занимавшихся социальной и благотворительной работой, но не кармелитов и других созерцательных Орденов. Заняв Папскую область, 3 мая 1810 г. Наполеон издал декрет о ликвидации монастырей в завоёванных странах. Несмотря на это, в Италии сохранилось несколько мужских и женских обителей кармелитов, что позволило Ордену возродиться во второй половине XIX в.