Реформирование Ордена продолжил Никола Оде, генеральный приор в 1524–1562 гг. В 1524 г. генеральный капитул кармелитов, созванный в Венеции, утвердил план реформы, получивший название «Isagogicon», а также внёс поправки в орденскую конституцию. Согласно плану Никола Оде, приоры монастырей должны были установить контроль за принадлежавшей монахам собственностью, в мужские монастыри не допускались женщины даже на богослужения, братии не разрешалось проживать вне монастырей без уважительной причины, кармелиты могли покидать монастыри не чаще двух раз в неделю, только в сопровождении других монахов и в орденском облачении, включая белую мантию. Предписывалось неукоснительное соблюдение правила безмолвия в определённые часы, в это время следовало читать Священное Писание и предаваться молитвенным размышлениям. Особое внимание уделялось богослужению, выдвигались требования его обязательного ежедневного совершения в присутствии всей братии в дни поста, а также по воскресеньям и в праздники. Для кармелитов-студентов устанавливались особые правила проживания при университетах. В орденских школах вводились новые учебные дисциплины, был ужесточён порядок присвоения учёных степеней, что способствовало улучшению качества образования в Ордене. В течение нескольких лет Никола Оде проводил инспекции орденских провинций в Италии, в Германии и во Франции, наблюдая за реформой. В провинциях Ордена в Испании и Португалии инспекторам, посланным Никола Оде, удалось склонить большинство кармелитов к принятию строгого устава, однако почти все монахи Андалусской провинции во главе с провинциалом отказались принять реформу и покинули Орден. Реформация и распространение протестантизма привели к утрате Орденом Верхненемецкой, Чешской, Саксонской, Датской, Английской и Ирландской провинций, неcколько монастырей было закрыто в Польской провинции, Нижненемецкая провинция, к которой относились и нидерландские монастыри, сохранилась, хотя и понесла большие потери. Никола Оде и другие крупные богословы Ордена приняли участие в работе Тридентского собора (1545–1563 гг.). Реализацией соборных решений в Ордене занимался преемник Никола Оде, Джованни Баттиста Росси (1564–1578 гг.), который одобрил внутреннюю реформу женских монастырей Ордена, предложенную католической святой Терезой Авильской и имевшую целью возвращение к изначальным затворническим, аскетическим и созерцательным идеалам кармелитов. В 1580 г. следовавшие принципам «терезианской реформы» женские и мужские монастыри образовали в Ордене автономную ветвь – босых (или босоногих) кармелитов. В 1593 г. Папский престол наделил босых кармелитов статусом отдельного монашеского Ордена. В XVII–XVIII вв. в «старшем» Ордене кармелитов были преодолены внутренние разногласия, продолжились устойчивый рост числа монастырей и увеличение числа монашествующих. К 1600 г. Орден насчитывал 30 провинций, в их составе было около 700 мужских монастырей (около 12 тыс. монахов), а также 36 женских монастырей (около 1,5 тыс. монахинь), которые подчинялись генеральному приору Ордена либо находились в юрисдикции местных епископов (ординариев).