Так, в селе Захаровском (ныне деревня Гребёнкино) Медынского района храм готовился к закрытию, но владыка отменил все отчисления с прихода, передал храму иконы и свечи, отремонтировал церковь за счёт епархии и стал регулярно приезжать туда для совершения служб. Приход сохранился. Архиепископ Ермоген выезжал для служения на приходы епархии, как правило, с большим хором. Эти посещения расценивались уполномоченным как «демонстрация и реклама». Особое внимание архиепископ Ермоген уделял кадровому вопросу, старался привлекать к служению молодых преданных церкви священников с безукоризненным моральным обликом, имеющих духовное образование. Были отправлены за штат престарелые священнослужители и те, кто скомпрометировали себя недостойным поведением. Когда уполномоченный на очередной беседе указал на недопустимость таких увольнений, архиепископ Ермоген заметил, что «в интересах антирелигиозной пропаганды такой поп является весьма полезной фигурой», но его «горе-священники» не удовлетворяют. В беседах с уполномоченным архиерей критиковал церковную политику Н.С. Хрущёва, говорил о вмешательстве государства во внутрицерковные дела, о нарушении конституционных прав верующих. 22 июля 1963 г. Калужский облисполком принял решение «Об ограничении деятельности церковников», в одном из пунктов которого значилось: «...Прекратить паломничество к так называемым святым местам». Судя по формулировке, окончательно прекратить паломничество раньше не удалось. 21 феврале 1964 г. Калужский горисполком подтвердил запрет на колокольный звон в городе (первое постановление по этому вопросу было принято 3 сентября 1959 г.). Власти инспирировали многочисленные жалобы населения на колокольный звон. После отставки Н.С. Хрущёва 14 октября 1964 г. архиепископ Ермоген начал составлять прошение на имя патриарха Алексия I с предложением внести поправки в редакцию «Положения о Русской Православной Церкви», в частности, ввести настоятелей приходов в качестве председателей в приходские собрания и приходские советы. С осени 1964 г. архиепископ совершал поездки на Украину, в Сибирь, на Урал и в Поволжье с целью обеспечить себе поддержку архиереев. Документ, составленный летом (или весной) 1965 г., кроме архиепископа Ермогена решились подписать ещё девять архиереев. Инициатива архиепископа Ермогена не имела успеха, 25 ноября 1965 г. в результате давления властей архиерей был уволен на покой. Калужский уполномоченный сообщал, что усиливается влияние православия на население, практически во всех церквах увеличились доходы и количество совершаемых треб. В Козельском районе открыто крестили 60% детей, а в Малоярославецком районе – до 87%, причём ежегодно крещений совершалось всё больше. Возросло количество верующих. На Калужской кафедре архиепископа Ермогена сменил архиепископ Донат (Щёголев), управлявший епархией с 25 ноября 1965 г. по 17 апреля 1975 г. (в сане архиепископа с 9 сентября 1971 г.). Этот период характеризуется прекращением открытых гонений и сохранением жёсткого административного контроля государства над церковью. В эти годы в Калуге была снесена часовня у каменного моста над источником «Здоровец», а Никитский храм (XVIII в.) был снят с учёта памятников архитектуры и превращён в кинотеатр.