2 апреля 1936 г. Августин был возведён в сан архиепископа. 20 сентября 1937 г. он был арестован вместе более чем с 30 священниками и мирянами (архимандритом Иоанникием (Дмитриевым), настоятелем Одигитриевской церкви протоиереем Иваном Ивановичем Сперанским (другом Константина Эдуардовича Циолковского), протоиереем Павлом Семёновским, священниками Иоанном Остроглазовым, Василием Макаровым, Афанасием Любимовым, псаломщиком Аполлоном Бабичевым, старостой Казанской церкви И.Г. Беляевым и др.). Арестованные обвинялись в создании «крупной нелегальной церковно-монархической организации, ставившей своими целями свержение Советской власти, распространение контрреволюционной клеветы, срыв мероприятий партии и правительства…, сколачивание боевых групп для помощи интервентам». 19 ноября они были приговорены к расстрелу, 23 ноября приговор был приведён в исполнение. В 1934–1937 гг. были расстреляны или сосланы 198 священнослужителей и 70 церковнослужителей. В декабре 1937 г. 54 монахини Шамординского монастыря отправлены в лагеря, казначею Елисавету (Соколову) с пятью сёстрами расстреляли. Расстреляны многие бывшие насельники Оптиной пустыни, жившие в Козельске: Феодор (Лавров), Никита (Чувенков), Сергий (Борисов) и др. В 1938–1941 гг. были казнены или сосланы 46 священнослужителей, шесть церковнослужителей, пять монашествующих. После ареста архиепископа Августина в Калужской и Боровской епархии не было правящего архиерея до конца 1941 г. В начале 1920 гг. другим испытанием для церкви стал быстро распространившийся обновленческий раскол. В июне 1922 г. был образован обновленческий епархиальный совет, который 15 июня того же года провёл собрание духовенства Калуги. После рассмотрения документов, присланных обновленческим Высшим церковным управлением (ВЦУ), совет принял решение признать ВЦУ единственной церковной властью и выразить ему поддержку в подготовке второго «поместного собора». Калужский епископ Феофан (Туляков), по-видимому, не владевший достаточной информацией об обновленцах, в целом одобрил решения собрания с условием, что не будут меняться догматы и каноны церкви. 29 августа 1922 г., после съезда «Живой церкви», епископ Феофан объявил о неканоничности ВЦУ. Новое епархиальное управление во главе с протоиереем-обновленцем Некрасовым не подчинилось решению архиерея. Уже 2 сентября власти провели массовые обыски в домах священников, поддержавших правящего архиерея. Не избежал обыска и епископ Феофан. Миряне и подавляющее большинство священства в Калужской и Боровской епархии отрицательно относились к обновленцам. 9 сентября 1922 г. газета «Коммуна» опубликовала статью Некрасова «Из церковной жизни нашего города», в которой автор обвиняет священнослужителей Калуги в близорукости, в неумении использовать «исторический момент освобождения из-под гнёта князей церкви». Обновленцы сделали попытку организовать собственную периодическую печать, но им удалось выпустить только один номер газеты «Церковь и жизнь» (1923 г.) и пять номеров журнала «По стопам Христа» (1925 г.). В середине 1920 гг. обновленческая Калужская епархия владела 83 храмами, в которых служили 86 священников и два дьякона. Созданную в сентябре 1922 г. обновленческую Калужскую епархию возглавил престарелый Иоанникий (Дьячков).