Однако под постановлением обновленческого собора в Москве от 3 мая 1923 г. стоит подпись не Иоанникия, который официально руководил обновленческой епархией до июля 1923 г., а некоего «Калужского епископа» Владимира. Позднее калужскими раскольниками управляли: Пётр Виноградов (июль 1923 г. – июль 1924 г.; 10 апрель 1931 г. – 13 ноября 1932 г.), Алексий (Замараев; 25 июля – 9 декабре 1924 г.), ставший членом обновленческого синода, Христофор (Сокольский; 20 декабря 1924 г. – 24 января 1925 г.), Геронтий (Шевлягин; 24 января 1925 г. – 16 января 1926 г.), Георгий Добронравов (16 января 1926 г. – 10 апреля 1931 г.; с перерывом в несколько месяцев в 1930 г., когда его замещал Аристарх (Николаевский)), Арсений Краснов (13 ноября 1932 г. – май 1934 г.), Николай Смирнов (май 1934 г. – октябрь 1935 г.), Иннокентий (Копейкин; октябрь 1935 г. – 14 января 1936 г.), Александр Рябцовский (14 января – ноябрь 1936 г. (снял сан)). В декабре 1936 г. во главе калужских обновленцев встал протоиерей Андрей Расторгуев, по своим взглядам чуждый обновленчеству, в 1939 г. он покинул Калугу, обновленческие структуры в регионе прекратили существование. 13 октября 1941 г. немецкие войска вошли в Калугу и удерживали город два с половиной месяца. В конце декабря в результате Московской операции оккупанты были выбиты из Калуги и прилегающих районов, остальная часть территории епархии была освобождена в 1943 г. Именно на этой территории развивалось широкое партизанское и подпольное движение. Священники епархии поддерживали сопротивление советских людей, иногда активно в нём участвовали. Так, в Людиновском районе действовал партизанский отряд, а в городе – группа подпольщиков. Для связи с партизанами по просьбе командира отряда был оставлен настоятель Лазаревского храма священник Викторин Зарецкий. По заданию штаба отряда он устроил свою 16-летнюю дочь, знавшую немецкий язык, работать переводчицей в городскую комендатуру и передавал партизанам полученную от неё информацию. Викторин Зарецкий оказывал материальную помощь жителям Людинова, в том числе и членам семей партизан. Священник Викторин в 2007 г. был посмертно награждён медалью «За отвагу». 10 января 1942 г. на Калужскую кафедру был назначен епископ Питирим (Свиридов). Несмотря на некоторое улучшение церковно-государственных отношений, в эти годы имели место репрессии против священнослужителей. В 1941–1942 гг. были расстреляны Константин Соколов (посёлок Полотняный Завод), Александр Кружилин (город Киров) и Тихон Мосалов, настоятель собора в Боровске, в 1943 г. приговорён к пяти годам лагерей Иоанн Молебнов (село Спас-Загорье). В это же время был снесён крест на могиле Феодосии Прокофьевны Морозовой, почитаемой старообрядцами (позднее здесь установили памятник в честь первого полёта в космос). Национально-патриотическая деятельность церкви укрепляла влияние православия в народе, власти предпринимали меры к ограничению активности церкви. В начале 1943 г. в письме секретарю ЦК ВКП(б) Александру Сергеевичу Щербакову заместитель наркома государственной безопасности Богдан Захарович Кобулов сообщил, что епископ Питирим обратился к командованию одного из госпиталей в Калуге с предложением принять шефство над госпиталем и получил согласие.