Осуществляя шефство, калужский собор приобрёл на 50 тыс. руб., пожертвованных прихожанами, почти 500 подарков для раненых. В апреле 1943 г. церковный хор дважды устраивал в госпитале концерты русских народных песен и песен советских композиторов. Узнав об этом, руководство НКГБ приняло меры «к недопущению впредь попыток со стороны церковников входить в непосредственные сношения с командованием госпиталей и ранеными под видом шефства». 28 ноября 1943 г. СНК СССР принял постановление «О порядке открытия церквей». В органы власти стали поступать ходатайства об открытии храмов. В Калужской области в 1944–1949 гг. было подано 45 ходатайств. В начале 1943 г. в области действовало 19 храмов, которые сохранились после революционных погромов и были открыты в годы оккупации. В то же время репрессии, хотя и в незначительных масштабах, продолжались. За «антисоветскую агитацию» в октябре 1943 г. был осуждён псаломщик из Юхнова Владимир Алексеевич Потоцкий, в феврале 1944 г. – псаломщик из Сухиничей П.В. Виноградов. В октябре 1945 г. управление Калужской и Боровской епархии было поручено епископу Онисифору (Пономарёву), который занимал Калужскую кафедру до марта 1960 г. В епархии к началу служения епископа Онисифора в штате состояли 48 священнослужителей, действовало 26 храмов. 14 священников, один протодиакон и четыре дьякона служили в городах епархии, а 23 священника – на сельских приходах. В Калуге действовали два храма: Георгиевский кафедральный собор, где служили два священника и протодиакон, и Николо-Козинская церковь, в клире которой состояли два священника и дьякон. Продолжалось возвращение храмов, хотя прослеживалась тенденция к прекращению этого процесса. Так, в 1945 г. было открыто шесть храмов (из них пять при епископе Онисифоре), в 1946 г. – четыре храма, в 1947 г. – два храма, в 1948 г. – один храм. С 1949 г. запрещали открывать новые храмы, но действующие не закрывались. В середине 1940 гг. в области было 530 недействующих церковных зданий, из них в полуразрушенном состоянии – 246, бесхозных – 51, занятых под склады – 130, используемых под цеха и промышленные предприятия – 43, под клубы – 60. Епископ Онисифор уделял много внимания ремонту храмов, формированию певческих хоров, решению кадровой проблемы. Часто переводил священников с прихода на приход, чтобы у властей не было повода для закрытия храма по причине отсутствия богослужения. В 1948 г. позиция государства в отношении церкви ужесточилась. В Калужской и Боровской епархии по обвинению в антисоветской деятельности к десяти годам лагерей был приговорён настоятель Николо-Козинской церкви протоиерей Григорий Лысяк. Быстро пошёл процесс уничтожения недействующих церковных зданий. По решению Калужского облисполкома от 6 апреля 1948 г. был разобран храм в селе Милееве Хвастовичского района, хотя верующие с 1946 г. просили открыть приход в селе. В январе 1949 г. под машинно-тракторную станцию была переоборудована церковь в селе Лисине Детчинского района. 9 мая того же года облисполком передал храм во имя Георгия Победоносца «за лавками» в Калуге Главкинопрокату.