В 1919–1928 гг. в Оптиной пустыни действовал музей, его директором была Лидия Васильевна Защук (см. Августа, преподобномученица, схимонахиня), некоторым монахам удалось устроиться сотрудниками. По распоряжению Анатолия Васильевича Луначарского из Оптиной пустыни была вывезена библиотека. 15 июня 1924 г. в больничной кухне монастыря Никон (Беляев) совершил последнее богослужение. В разное время на территории Оптиной пустыни размещались детский дом, дом отдыха, лагерь польских военнопленных (1939–1941 гг.), эвакуационный госпиталь, СПТУ, литературный отдел Козельского краеведческого музея и др. Пафнутиев Боровский монастырь был окончательно закрыт в 1923 г. Его имущество передали Главмузею, а в помещениях разместили исправительную колонию. С колокольни монастыря сбросили один из древнейших русских колоколов, отлитый в 1488 г., из икон Ирининского придела (XVI в.) были устроены будки для собак и клетки для кроликов. В 1919 г., во время гражданской войны, антирелигиозная политика РКП(б) ужесточилась. Циркулярное письмо отдела управления НКВД «О вскрытии мощей» от 28 февраля 1919 г. усилило репрессии против церкви. В этот период в Калужской губернии стали проводиться задержания священнослужителей в качестве заложников. 18 марта 1919 г. управляющий делами Совнаркома Владимир Дмитриевич Бонч-Бруевич в одной из записок в правительство отмечал факт ареста в Малоярославце 70-летнего священника Николая Щепетова за служение молебна о мире и о прекращении волнений; комитет бедноты села Савинова и верующие из 11 деревень обратились в Калужскую ЧК с просьбой об освобождении священника. В 1918–1919 гг. были расстреляны: священник Александр Добронравов (село Кузовы-Спас Медынского уезда) – за молебен для восставших крестьян, священник Василий Благовещенский (село Шанский Завод Медынского уезда), священник Георгий Георгиевский (село Чемоданово Мещовского уезда), священник Василий Волков (село Рождество Медынского уезда), священник Александр Громов (село Реса Мещовского уезда), умер в медынской тюрьме священник Василий Кериневский (село Костино Медынского уезда). После выхода декрета об изъятии из церквей предметов, имеющих музейную ценность (2 января 1922 г.), и постановления об изъятии церковных ценностей (16 февраля 1922 г.) в Калужской губернии, как и в других российских регионах, была создана секретная подготовительная комиссия по изъятию церковных ценностей (председатель – М.П. Артёмов). Комиссии по изъятию ценностей работали в первой половине марта 1922 г. во всех уездах губернии. В информационных сводках сообщалось, что духовенство и крестьяне в большинстве случаев относились к изъятию враждебно. В Тарусском уезде против действий властей восстали крестьяне, в Боровском уезде верующие не допускали комиссию к работе, пока в уезд не выслали карательный отряд. Рабочие Калужского участка Сызрано-Вяземской железной дороги проявляли недовольство тем, что ценности изымались только из православных церквей. В ходе кампании, несмотря на сопротивление сотрудников Калужского губмузея, были сняты ризы с уникального иконостаса кафедрального Троицкого собора. В 1926 г. собор был закрыт и приспособлен под дом народных собраний, иконостас разобрали, дальнейшая его судьба исследователям неизвестна. К 13 марта 1922 г. в Калужской губернии было изъято 109 пудов серебра, 6 фунтов 55 золотников золота, много изделий из жемчуга.