В июне 1961 г., в разгар кампании по закрытию Почаевской в честь Успения Пресвятой Богородицы лавры, несколько жителей области послали денежные переводы в монастырь. Совет по делам РПЦ дал указание калужскому уполномоченному Совета «выявить причины, побудившие этих лиц посылать такие переводы» и принять меры. В 1962 г. повсеместно стали вводиться рабочие недели со скользящим графиком выходных, что по замыслу властей должно было лишить верующих возможности присутствовать на воскресных богослужениях. 25 марта Калужский обком КПСС принял решение об усилении научно-атеистической пропаганды, а уполномоченный наметил основные направления работы: недопущение совершения треб на дому, борьба с паломничеством, недопущение церковной благотворительности. Предполагалось также «изучить обстановку в затухающих приходах с целью сокращения сети церквей» и принять «меры по ослаблению материально-технической базы церкви». Под разными предлогами к рукоположению в священнослужители и к поступлению в духовные учебные заведения старались не допустить лиц, окончивших высшие и средние специальные учебные заведения. Усиливая давление на церковь, власти наталкивались на скрытое, а иногда и на прямое сопротивление. Начали создаваться подпольные христианские общины. Властям удалось обнаружить две незарегистрированные общины в Думиничском районе: в селе Чернышене и деревне Клинцы. Сопротивлением верующих исследователи считают и то, что, только по официальным данным, 35% родившихся в области детей были крещены, в Ульяновском, Людиновском, Сухиничском и ряде других районов крестили около 50% родившихся. Многие требы совершались тайно и поэтому в официальные сводки не попадали. 19 июля 1962 г. архиепископ Леонид был уволен на покой, временно управляющим Калужской епархией был назначен викарий Московской епархии Можайский епископ Стефан (Никитин). В Калужской и Боровской епархии оставалось только 29 действующих храмов, один из них, в селе Гостешеве Угодско-Заводского района, был вскоре закрыт и переоборудован под спортзал и мастерские. Епископ Стефан принял кончину во время проповеди в кафедральном Свято-Георгиевском соборе 28 апреля 1963 г. 29 мая 1963 г. в Калугу прибыл архиепископ Ермоген (Голубев). В епархии в это время действовали 28 храмов, многие из них были отнесены властями к «затухающим» приходам и должны были закрыться. В начале служения архиепископ Ермоген особые усилия прилагал к активизации церковной жизни в центре епархии. В Калуге начали совершаться частые архиерейские богослужения, создавались большие хоры. К участию в службах приглашались воспитанники духовных учебных заведений (архиерей оплачивал им проезд, обеспечивал питание и проживание), а также священнослужители из других епархий. Калужский уполномоченный докладывал в Москву, что архиепископ Ермоген не прислушивается к «деловым советам и соображениям» уполномоченного. Власти оказывали давление на архиерея, заставляя подчиняться их требованиям, удаляли из епархии верных ему священнослужителей и мирян, пытались оклеветать архиепископа перед верующими, организовывали «жалобы верующих» на правящего архиерея и близких к нему «неблагонадёжных» священников. В ответ архиепископ Ермоген в два раза уменьшил сумму взноса в Фонд мира и стал расходовать эти деньги на поддержку бедных приходов.