Летом 1959 г. в местной печати подвергли травле настоятеля храма в селе Нижние Прыски Николая Догаева. 24 августа последовало обращение Козельского райисполкома в Калужский облисполком, в котором предлагалось закрыть храм в Нижних Прысках «как очаг разврата и разложения окружающего населения». Вскоре местные власти стали закрывать храмы: 10 августа 1959 г. был закрыт храм в селе Введенье Тарусского района. События последних лет управления Калужской кафедрой епископом Онисифором дезорганизовали церковную жизнь в регионе, епархиальное управление не справлялось со своими функциями. На заседании Священного Синода 5 марта 1959 г. среди других проблем обсуждалось положение дел в Калужской и Боровской епархии. В ноябре 1958 г. ревизовавший положение дел в Калужской и Боровской епархии Тульский архиепископ Антоний (Кротевич) констатировал полный упадок епархиальной жизни. В помощь епископу Онисифору было решено послать молодого священника Анатолия Родионова, назначенного настоятелем Свято-Георгиевского кафедрального собора в Калуге. В марте 1960 г. 79-летний епископ Онисифор ушёл на покой, на его место 22 марта был определён Леонид (Лобачёв), возведённый в сан архиепископа. Ко времени его приезда в епархии при действующих 37 храмах осталось лишь 18 священников и шесть дьяконов. Архиепископ Леонид не смог принять активное участие в жизни епархии, выезды в районы для поддержания приходов практически не осуществлялись, с конца 1961 г. Калужский архиерей жил в Москве, в результате чего Калужская и Боровская епархия фактически осталась без руководства. 26 марта 1960 г. решением Калужского облисполкома был закрыт храм в селе Красном Боровского района, 27 июля закрыты храмы в сёлах Никитском Медынского района и Юрьевском Малоярославецкого района, 31 октября – в селе Лукьянове Малоярославецкого района. В оставшихся храмах любые хозяйственные работы должны были проводиться только с разрешения властей. Храмы ветшали и постепенно разрушались. Одновременно власти оказывали давление на священнослужителей, которых за малейшие нарушения уполномоченный снимал с регистрации. Так, вина снятого с учёта клирика калужского Николо-Козинского храма иеромонаха Варнавы (Улитина) заключалась в том, что перед началом учебного года он отслужил молебен для родителей и детей. Не все священнослужители могли выдержать постоянное давление и угрозы. В 1960 г. священник из села Фёдоровского Угодско-Заводского (ныне Жуковского) района А.М. Овчаренко снял с себя сан. В сентябре 1962 г. снял сан священник И.П. Болабушевич. К концу 1960 г. нехватка священнослужителей в епархии привела к тому, что в 8 из 33 оставшихся храмов богослужение не совершалось. В 1961 г. упразднили ещё четыре прихода. В феврале закрыли храмы в сёлах Рождествено Дзержинского района и Кудрявец Хвастовичского района, в марте – храм в селе Фёдоровском Угодско-Заводского района. По сравнению с 1940 гг. резко сократилось число недействующих церковных зданий. В 1961 г. на учёте осталось только 138 зданий, 15 из них было занято под цеха промышленных предприятий, 8 – под колхозно-совхозные мастерские, 59 храмов использовались под складские помещения, ещё 18 были заняты различными учреждениями, 21 храм был определён под снос.