В последние годы правления царя Михаила Фёдоровича площадь Ипатиевского монастыря увеличилась почти вдвое. В 1642–1645 гг. с запада к обители был присоединён прямоугольный в плане участок, который окружила стена (общая длина 307 м) с тремя башнями. Строительством руководил каменщик из Ипатьевской слободы Андрей Кузнец. Юго-западная и юго-восточная угловые башни были круглыми, а третья башня (проездная, стоявшая в центре западного участка стены) была квадратная, её венчал восьмигранный шатёр, покрытый зелёной поливной черепицей (отсюда название башни – Зелёная). С начала XVII в. старую часть монастыря стали называть Старым городом, новую – Новым городом. С построением Нового города общая длина стен Ипатиевского монастыря достигла 825 м. После возведения Нового города проездную башню, стоявшую в середине западной стены Старого города, разобрали и устроили арку проездных ворот. В 1645–1646 (1645–1649?) гг. к северному торцу звонницы был пристроен столпообразный четырёхъярусный объём колокольни, увенчанный шатром и главкой. Колокольня была возведена на средства стольника Алексея Никитича Годунова, который около 1645 г. завещал «устроить на Костроме в Ипатском монастыре в вечный поминок по своей душе и по родителем своим колокол в 3000 рублей, да колокольницу каменную». Столпообразная колокольня стала последним строением Ипатиевского монастыря, возведённым на средства представителя рода Годуновых. По мнению Евгения Васильевича Кудряшова, строительство Нового города и колокольни вела одна артель каменщиков, о чём помимо хронологии (колокольню строили сразу после возведения Нового города) свидетельствует совпадение форм обоих сооружений и конструктивных приёмов. Согласно описи 1584 г., на звоннице висело 11 колоколов. На рубеже XVI и XVII вв. самым большим из них являлся 600-пудовый (9,6 т) колокол – вклад Бориса Годунова и его матери Стефаниды (инокини Снандулии). В 1603 г. на звонницу был водружён 172-пудовый (2,7 т) колокол, отлитый «по приказу Ивана Ивановича Годунова по отце государе своем по Иване Васильевиче иноке схимнике Иосифе» (перелит в 1894 г. и стал весить 208 пудов). В 1647 г. на столп звонницы установлен отлитый по завещанию Алексея Никитича Годунова 600-пудовый колокол (исследователи полагают, что он был перелит из колокола, пожертвованного Борисом Годуновым и его матерью).