Последний большой вклад Сабуровых был дан в 1563–1564 гг. (см. ст. Адриан (Ангелов). Ипатиевскому монастырю принадлежала Ипатьевская слобода (впервые упоминается в 1560 г.), в которой проживали, в основном, монастырские «служебники» – конюхи, кузнецы, плотники, «рыбные ловцы» и др. В слободе находились конюшня («двор конюшей»), коровник («двор коровей») и хозяйственные постройки. К концу XVI в. собственностью Ипатиевского монастыря стала Спасская слобода (ныне в черте города Костромы). Во второй половине XVI в. главными ктиторами Ипатиевского монастыря стали представители младшей ветви рода – боярин Дмитрий Иванович Годунов (ум. в 1606 г.) и его племянник, будущий царь Борис Фёдорович Годунов. В 1567 г., когда Кострома была взята в опричнину, Годуновы-опричники стали видными фигурами в окружении царя Ивана IV Васильевича Грозного. Исследователи полагают, что благодаря протекции Годуновых игумен монастыря Вассиан в 1569 г. был вызван в Москву и поставлен настоятелем Новоспасского монастыря. С 1570 гг. важную роль при царском дворе играл Д.И. Годунов (с 1571 г. – царский постельничий, с 1573 г. – окольничий, с 1578 г. – боярин), который способствовал возвышению своих племянников – Бориса Фёдоровича и Ирины Фёдоровны Годуновых, которые рано остались сиротами и воспитывались при дворе. Д.И. Годунов устроил брак Бориса Годунова и дочери Григория (Малюты) Лукьяновича Скуратова-Бельского Марии Григорьевны, а также содействовал браку Ирины и царевича Фёдора Ивановича, младшего сына Ивана IV Васильевича. В это время земельные и денежные вклады в Ипатиевский монастырь, место погребения предков Годуновых, намного увеличились. Так, 25 марта 1572 г. Д.И. и Б.Ф. Годуновы пожаловали монастырю село Прискоково на реке Стежере с деревнями в Плёсском стане, в 1575/1576 г. вдова Ф.И. Годунова Стефанида вложила в Ипатиевский монастырь деревни Стержнево, Новосёлки, Яхново и др. в Дуплеховом стане, около 1584 – 1597 гг. Б.Ф. Годунов передал обители деревню Яхнево, Григорий Васильевич Годунов – деревни Ускоково, Афанасьево, Черново, Кокуево и Доронино в Дуплеховом стане, в марте 1589 г. Д.И. Годунов – село Исаковское с деревнями и пустошами в Плоскином стане, в 1591–1597 (1595?) гг. – сельцо Рудино и село Бяконтово (Кизликово) в Нерехотском стане. В декабре 1589 г. Д.И. Годунов заложил основание владимирской ипатиевской вотчины, передав монастырю село Крутец (Заястребье) в Судогодском стане. Д.И. Годунов неоднократно посещал монастырь. Документальные свидетельства пребывания в обители Бориса Фёдоровича Годунова не сохранились, но он, по мнению исследователей, бывал в Ипатиевском монастыре, например, на погребении родителей. В середине XVI – начале XVII вв. в основном на пожертвования Сабуровых и Годуновых Ипатиевском монастыре велось каменное строительство. В конце 1550 гг. возводился каменный Троицкий собор с приделом во имя апостола Филиппа и священномученика Ипатия. Вход в собор был оформлен в виде трёх порталов. Сохранившиеся железные двери около 1598 – 1605 гг. были украшены медными листами, расписанными по чёрному фону в технике золотой наводки (вклад Д.И. Годунова). На каждой двери имеются по восемь клейм, изображающих библейских пророков перед символами Христа и Богоматери, античных философов («еллинских мудрецов»), которым в Средние века приписывались пророчества о Спасителе, и евангельские сюжеты.