В монастырском Троицком соборе Михаил Фёдорович в присутствии членов посольства дал согласие занять русский престол и был наречён новым государем. С 1613 г. Ипатиевский монастырь находился под покровительством династии Романовых, а позднее почитался как «колыбель Дома Романовых». По распоряжению царя Михаила Фёдоровича в Троицкий собор было прислано изготовленное московскими мастерами так называемое Царское место – сень на четырёх столбах, с высоким шатром, украшенным резьбой и увенчанным двуглавым орлом. В краеведческой литературе XIX – начала XX вв. без документальных ссылок сообщается, что оно было прислано в обитель 1 июля 1613 г. и поставлено у юго-западного столпа Троицкого собора (с 1934 г. хранится в музее-заповеднике «Коломенское»; в 2009 г. по заказу наместника Ипатиевского монастыря архимандрита Иоанна (Павлихина) белорусские мастера изготовили точную копию Царского места и установили в Троицком соборе). После 1613 г. южный придел Троицкого собора освятили во имя преподобного Михаила Малеина – небесного покровителя царя (престол апостола Филиппа и священномученика Ипатия Гангрского перенесли в диаконник Троицкого собора). В придельный храм царь Михаил Фёдорович пожертвовал образ преподобного Михаила Малеина (не сохранился) и икону Божьей Матери с изображением преподобного Михаила Малеина и святых покровителей своих родителей. Между 11 и 14 сентября 1619 г., совершая паломничество в Макариев Унженский монастырь, царь Михаил Фёдорович Романов и его мать инокиня Марфа (Романова) посетили Ипатиевский монастырь. Исследователи полагают, что на обратном пути в Москву, остановившись в Костроме с вечера 10 октября до утра 12 октября, царь ещё раз побывал в обители. Царь Михаил Фёдорович дал Ипатиевскому монастырю две жалованные грамоты. Грамотой от 4 (1?) марта 1614 г. монастырские слуги в исковых делах освобождались от крестного целования (таким правом тогда обладали только слуги в Троице-Сергиевом и ярославском Преображенском монастырях). Грамота от 26 июня 1623 г. подтверждала право Ипатиевского монастыря на владение вотчинами и угодьями и освобождала монастырских крестьян от податей, денежных поборов и хлебных сборов. В 1621–1623 гг. под руководством присланного из Москвы подмастерья Ивана Неверова «каменщиками московскими, ипатскими и богоявленскими» (т.е. из костромского Богоявленского монастыря) была надстроена («в вышину наделывана») стена вокруг Ипатиевского монастыря, при этом высота увеличилась с 6 до 11 м. Лишь на участке западноой стены (между корпусом над погребами и Квасной башней) сохранилась первоначальная ограда конца XVI в.