К концу XVI в. Ипатиевский монастырь владел тремя погостами, двумя слободами, одиннадцатью сёлами, десятью сельцами, 274 деревнями и 17 починками – всего 823 дворами, где проживало 902 крестьянина. В 1595 г. Ипатиевский монастырь получил двор с каменными постройками в Китай-городе в Москве, в 1603 г. – два двора в Костроме. В 1645 г. стольник Алексей Никитич Годунов завещал монастырю село Семёновское (ныне посёлок Островское Костромской области) с деревнями – это был последний вклад представителей рода Годуновых. «В общем, с 1572 по 1595 гг. Годуновы, царица Ирина и царь Фёдор, дали не менее пятнадцати крупных владений, что составляло приблизительно половину всего земельного богатства монастыря в конце XVI в.». В 1598–1600 гг. костромская вотчина Ипатиевского монастыря включала три погоста, три слободы, десять сёл, десять селец, 17 починков, в которых насчитывалось 684 крестьянских двора (проживало 767 крестьян), 365 бобыльских дворов (проживало 442 бобыля), 23 двора монастырских детёнышей, 36 пустых дворов и 117 пустошей (Российский государственный архив древних актов). В 1675 г. Ипатиевскому монастырю принадлежало 11 504 (по другим данным, 10 504?) крестьянина. По дворцовой переписи 1678 г., Ипатиевский монастырь занимал четвёртое место по количеству крестьянских дворов (более 3650), уступая лишь Троице-Сергиеву, Кириллову Белозерскому и ярославскому в честь Преображения Господня монастырям. Ипатиевский монастырь владел сёлами и деревнями в Ярославском, Владимирском, Московском, Казанском и Симбирском уездах, но большая часть владений (3529 дворов) находилась в Костромском уезде. Уже в XVI в. Ипатиевский монастырь располагал преимущественным правом на ловлю рыбы в окрестных реках и озёрах. Грамотой царя Фёодора Ивановича от 14 марта 1586 г. в вотчину Ипатиевского монастыря были пожалованы (бывшие до этого у обители на оброке) рыбные ловли в Семёновских песках и заводях Борщовское и Манаково на Волге: участок «от речки Келнати вниз реки Волги по Воржинский остров по обе стороны реки Волги на семи верстах, да заводь Манакова, что ниже города (Костромы) …у обеих берегов на версту». Право обители на вотчинное владение рыбными ловлями на Волге подтверждали грамотами Борис Годунов (12 февраля 1601 г.), Лжедмитрий I (30 сентября и 4 октября 1605 г.), Василий Иванович Шуйский (20 июня 1606 г.), царь Михаил Фёдорович Романов (31 августа 1613 г. и 26 июня 1623 г.). Ипатиевскому монастырю принадлежали также рыбные ловли на реке Костроме (от речки Игуменки до Андреевской слободы) и на семи озёрах (в том числе на Святом, Мерском, Воржском, Чёрном; в середине XX в. почти все озеёа были поглощены Костромским водохранилищем), на реках Узоксе, Ворже, Мусе и др.