Находясь в заключении, Павел принял православное вероучение, был освобождён, но, не получив обратно Антиохийского престола, около 574 г. бежал из Константинополя на Восток. Он отрёкся от православия и был принят Иаковом Барадеем, который содействовал восстановлению его авторитета среди антихалкидонитов. В начале 575 г. Иаков Барадей стал одним из организаторов Собора антихалкидонитов в Антиохии, на котором Павел был вновь признан патриархом. Вскоре после этого Павел тайно отправился в Египет, где в мае 575 г. возвёл в патриарха Александрийского скитского монаха Феодора. Однако александрийские антихалкидониты отказались его принять и поставили патриархом Петра, старого соратника патриарха Феодосия. Между Петром Александрийским и Павлом Антиохийским возникла переписка со взаимными оскорблениями. Иаков Барадей поддержал Павла, назвав Петра «новым Гайаном» (см. Гайан, Александрийский патриарх). В 576 г. Пётр анафематствовал Павла. Положение Павла среди сирийских антихалкидонитов оставалось непрочным; в том же году его противники выдвинули претендентом на Антиохийский престол епископа Петра Каллиникского. Иаков Барадей поначалу высказался против Петра, однако, видя непопулярность Павла, решил не торопиться с ответом. Пытаясь примирить сирийских и египетских антихалкидонитов, он отправился в Египет. Там сторонники Петра Александрийского уговорили Иакова Барадея признать Петра патриархом и поддержать низложение Павла Антиохийского. Иаков Барадей потребовал, чтобы низложение Павла не сопровождалось его анафематствованием. Это решение не привело к миру, т.к. раскол сирийских антихалкидонитов на сторонников Петра и сторонников Павла только усиливался, а противоречия между сирийскими и египетскими антихалкидонитами стали непреодолимыми, поскольку часть сирийцев, признававших Павла, считала законным Александрийским патриархом не Петра, а Феодора, поставленного при участии Павла. В 578 г. Пётр Александрийский умер, и новым патриархом был избран Дамиан. В послании к Иакову Барадею и другим сирийским епископам Дамиан опровергал учения тритеистов и Иоанна Филопона. Иаков Барадей вступил в общение с новым патриархом, в то время как сторонники Павла Антиохийского объявили Дамиана узурпатором. Иаков Барадей решил вновь отправиться в Египет, скрывая цель путешествия от приближённых. Он добрался до границы Египта и остановился в Касийском монастыре. Там неожиданно умер один из спутников Иакова Барадея, бывший настоятель монастыря Картамин. Через несколько дней, во время другой остановки, внезапно заболел и умер келейник Иакова Барадея Сергий, а ещё через три дня заболели Иаков Барадей и некий диакон из его спутников. Через 12 дней Иаков Барадей умер. Дата его смерти приведена Иоанном Эфесским в «Церковной истории». В «Хронике до 724 года» («Книга халифов») указано, что это случилось 31 июля. Спутники Иакова Барадея перенесли его тело в Касийский монастырь. Вскоре Александрийский патриарх Дамиан попытался его забрать и перевезти в Александрию, но настоятель монастыря воспрепятствовал этому. В 622 г. останки Иакова Барадея были выкрадены посланцами епископа Теллы, антихалкидонита Закхея, и вывезены в Теллу, где положены в монастыре Псильта, в котором в юности подвизался Иаков Барадей. Рассказ об этом был записан пресвитером монастыря Феодосием в 741 г.