Эти требования были изложены ими в письме, и, хотя они уже были фактически неприемлемыми для православия, часть непримиримых монахов-антихалкидонитов сочла их недостаточными и потребовала, чтобы в итоговый документ была включена прямая анафема Халкидонскому собору. Во время чтения письма Иакова Барадея в сирийском монастыре Мар-Заккая некий монах Косма в порыве гнева схватил документ и разорвал его. Об этом архимандриты письменно известили Иакова Барадея. Узнав о происшедшем, патрикий Иоанн Коментиол покинул Каллиник. Испугавшись реакции Иоанна Коментиола, епископы попросили Иакова Барадея, Феодора Аравийского и Евгения Тарсийского составить письмо об их отношении к эдикту императора. Новый документ почти ничем не отличался от прежнего, и реакция сирийских монахов на него была та же. Более того, монахи пригрозили Иакову Барадею разорвать с ним общение и анафематствовать его. Испугавшись, Иаков Барадей произнёс анафему собственному письму. Узнав об этом, Иоанн Коментиол прекратил дальнейшие переговоры и уехал в Константинополь. В столице некоторые сторонники Иакова Барадея из числа епископов-антихалкидонитов считали, что Иаков Барадей должен вернуться в Константинополь и продолжить переговоры об унии на основе императорского эдикта. Император Юстин II направил комиту Востока Сергоне предписание отправить епископа Феодора Аравийского и Иакова Барадея в Константинополь для дальнейшего рассмотрения церковных дел. Феодор последовал императорскому распоряжению; Иаков Барадей же под давлением монахов предпочёл скрыться на Востоке. В то же время разрушилось и соглашение по проблеме тритеизма. На Каллиникской конференции в Константинополе был составлен второй «Синдоктикон», который содержал больше, чем первый, уступок православных тритеистам. 17 мая 567 г. архимандриты и монахи Востока, собравшиеся в монастыре Мар-Басса в Батабу, составили документ с осуждением непримиримых тритеистов, а также тех, кто отказывались признать Павла патриархом Антиохии. В это время произошёл окончательный разрыв между Иаковом Барадеем и сторонниками тритеистов, которых представляли Конон Тарсийский, Евгений Селевкийский, некий епископ Феона, а также монахи Афанасий, Авуи и Фока. Последние были готовы согласиться с православными и с противниками патриарха Павла Антиохийского как человека близкого к патриарху Феодосию Александрийскому, главному борцу с тритеистами. Об этом Павел писал Иакову Барадею и епископу Феодору Аравийскому. Они выразили полную поддержку Павлу, а также всему, что было сделано и сказано патриархом Феодосием Александрийским. Вместе с тем ещё во время конференции в Каллинике Иаков Барадей писал Селевкийскому епископу Евгению, чтобы тот не поддерживал раскол в рядах антихалкидонитов и письменно отказался от тритеизма. Тем не менее, число сторонников тритеизма на Востоке росло; распространялось сочинение «О Троице» александрийского философа Иоанна Филопона. Иакову Барадею с трудом удалось воспрепятствовать появлению перевода трактата на сирийский язык.