Тритеисты также распускали слухи, что Иаков Барадей и Феодор, а также почти все архимандриты Сирии уже примкнули к ним, отрекшись от патриарха Павла Антиохийского. В этой связи Иаков Барадей и Феодор обратились с письмом к монахам, в котором они заявляли о своём неприятии тритеизма и преданности патриарху Павлу. 3 января 568 г. предводители восточного монашества вновь собрались в монастыре Мар-Басса и издали новый «Синдоктикон» с безоговорочным осуждением тритеизма. В начале 568 г. Иаков Барадей направил Конону и Евгению ещё одно письмо, в котором просил их не способствовать расколу общины антихалкидонитов, постараться примириться со своими противниками, а если это невозможно, то покинуть Константинополь и отправиться на свои кафедры. Иаков Барадей требовал от них подчинения постановлениям патриарха Феодосия о тритеизме, просил их вновь начать действовать заодно с ним ради достижения единства церкви. Тогда же он направил в Константинополь и письмо епископам-антихалкидонитам – противникам Конона и Евгения, в котором заверил их в своей верности постановлениям патриархов Феодосия и Павла о тритеизме, а также просил их примириться с епископами Кононом и Евгением. Но Конон и Евгений решили, что смогут склонить Иакова Барадея на свою сторону, и находившийся в это время в Киликии Евгений попросил его о встрече. Из города Кеннешрина Иаков Барадей прибыл на встречу с Евгением в город Кербедиссо в провинции Киликия Вторая. Им не удалось достичь соглашения, причём Евгений оскорбил Иакова Барадея и прибывших с ним восточных монахов, а также порицал всех, кто придерживались позиции патриарха Феодосия в отношении тритеизма. Согласно сведениям Михаила Сирийца, Иаков Барадей отлучил Евгения от церкви, а вскоре в Константинополе епископ Феодор Аравийский объявил об отлучении Конона. В 568 г. пять епископов-антихалкидонитов Востока, в том числе Иаков Барадей, направили единомышленникам в Константинополь письмо с кратким перечислением основных пунктов трактата патриарха Феодосия против тритеистов и осуждением тритеистских вероучительных формул и трактата Иоанна Филопона. Вопрос о патриархе Павле в письме не затрагивался. В нём рассказывалось о тех усилиях, которые восточные епископы и Иаков Барадей приложили, чтобы избежать раскола в общине антихалкидонитов. Восточные епископы просили Константинопольских подписаться под письмом, придав тем самым ему силу обязательного для всех антихалкидонитов документа. Подписи под письмом поставили семь епископов-антихалкидонитов в Константинополе во главе с Феодором Аравийским и Иоанном Эфесским. Письмо было передано Конону и Евгению через Хариса ибн Джабалу. Конон и Евгений не дали никакого ответа и собранными при дворе филарха Хариса епископами были объявлены низложенными. Епископы письменно известили общину антихалкидонитов о своём решении. Её епископат и клир Востока согласился с принятым решением. В 571 г. ввиду растущего влияния антихалкидонитов в столице Константинопольский патриарх Иоанн III Схоластик начал их открытое преследование по всей территории Византийской империи. В числе прочих были арестованы Антиохийский патриарх Павел, епископ Иоанн Эфесский.