Поиски Иакова Барадея продолжались около 20 лет, т.е. до середины 560 гг. Эти сведения явно легендарного характера стали основой образа Иакова Барадея как борца за веру в позднейшей монофизитской традиции. Вместе с тем на основании данных третьего Жития Иакова Барадея, которое ошибочно приписывалось Иоанну Эфесскому, исследователи делают вывод о тесном общении Иакова Барадея с императором Юстинианом. В Житии подробно описывается деятельность Иакова Барадея, в том числе его 20-летнее скитание, сообщается, что он часто помогал советом императору, когда тот должен был принимать важные решения. Благодаря этому Иаков Барадей стал настолько знаменит, что его знал не только византийский император, но и персидский шах. Таким образом, автор Жития допускает очевидное для исследователей противоречие, забыв о своём же свидетельстве, что Иаков Барадей долгие годы скрывался от агентов императора. Иаков Барадей бывал в Сирии, Армении и Каппадокии, в некоторых провинциях Малой Азии, посещал Кипр, Родос, Хиос и Митилину. Источники приводят число совершённых им рукоположений: 100 тыс. пресвитеров, 27 епископов и два патриарха. Цифру 100 тыс. исследователи считают нереальной, она свидетельствует о том, что в Житиях Иакова Барадея содержатся легендарные сведения. Также, по мнению исследователей, недостоверно и упоминание о 87 поставленных Иаковом Барадеем епископах. Его имя и учение не упоминаются в антияковитских богословских сочинениях и хрониках, составленных после смерти Иакова Барадея. О нём не говорится ни в творениях Иоанна Дамаскина , ни в сочинении, которое приписывается Леонтию Византийскому, ни в произведении пресвитера Тимофея Константинопольского, ни в исторических сочинениях, касающихся VI в., например, Евагрия Схоластика. По мнению исследователей, это может свидетельствовать о том, что масштаб деятельности Иакова Барадея был достаточно ограничен, и его действия не могли привести к созданию отдельной церкви, как утверждают позднейшие яковитские источники. Важнейшим аргументом в пользу того, что деятельность Иакова Барадея координировалась государственной властью, исследователи считают письмо низложенного Константинопольского патриарха Анфима I, направленное Иакову Барадею, по мнению исследователей, вскоре после начала его деятельности на Востоке. Анфим I увещевает Иакова Барадея больше заботиться о соответствии пресвитерскому сану рукополагаемых и добавляет: «Не следует множить посвящаемых, но пусть их будет столько, сколько требует необходимость». Фраза в конце письма раскрывает смысл деятельности Иакова Барадея: соответствовать усилиям императора, направленным на то, чтобы устранить все препятствия, стоящие на пути к объединению сторонников и противников Халкидонского собора. Главным препятствием патриарх Анфим I считал осуждение «Трёх Глав», которое император Юстиниан рассматривал как предпосылку для объединения православных с антихалкидонитами. Мотивы осуждения «Трёх Глав» встречаются в тексте исповедания веры, которое приписывается Иакову Барадею. Лишь после пятого Вселенского собора 553 г. и осуждения «Трёх Глав» Иаков Барадей начал рукополагать епископов, в том числе и для патриаршей кафедры Антиохии.