Для исследователей остаётся неизвестным, кто из епископов изначально помогал Иакову Барадею, т.к. процедура хиротонии требует участия трёх епископов, а последний епископ из числа противников Халкидонского собора, Константин Лаодикийский, умер в 553 г. С разрешения жившего в Константинополе Александрийского патриарха Феодосия I Иаков Барадей первыми рукоположил Конона во епископа Тарса и Евгения во епископа Селевкии Исаврийской. Иоанн Эфесский сообщает, что Иаков Барадей рукополагал их вместе с «другими епископами», однако имена епископов-антихалкидонитов, которые бы находились в то время в Александрии и имели возможность рукополагать без ведома православного патриарха Александрийского, исследователям неизвестны. Всего, по сообщению Иоанна Эфесского, Иаков Барадей рукоположил 27 епископов, из них восемь – для Антиохийской церкви, 12 – для Египта и семь – для Малой Азии, входивших в юрисдикцию Константинопольского патриархата. Тот факт, что Иаков Барадей вместе с Кононом и Евгением рукополагал епископов для Египта и Фиваиды, свидетельствует, что к тому времени там не осталось епископов, и подкрепляет предположение исследователей о том, что в рукоположении Конона и Евгения вместе с Иаковом Барадеем участвовали не епископы-антихалкидониты. Рукоположения были совершены ими, в основном, в Константинополе под контролем императора, и большинство этих иерархов до конца жизни не покинули Константинополя. Около 557 г. Конон и Евгений увлеклись ересью тритеизма, которая внесла раскол в ряды антихалкидонитов. Иаков Барадей ещё в 566 г. обращался к Конону и Евгению с просьбой не допустить развития тритеизма, но, тем не менее, они и в дальнейшем оставались сторонниками ереси. Около 557 г. в Константинополе, безусловно, с ведома властей, Иаковом Барадеем и его единомышленниками был поставлен патриархом Антиохии Сергий Телльский. Через три года Сергий скончался, так и не покинув Константинополя. В 558 г. Иаков Барадей рукоположил во епископа Эфеса Иоанна (будущего автора Жития Иакова Барадея). В 564 г., после смерти Сергия, Иаков Барадей совместно с Кононом и Евномием Амидским в Сирии с ведома патриарха Феодосия Александрийского возвёл на патриарший престол Антиохии Павла, бывшего келейника Феодосия. Однако вскоре против Павла было выдвинуто обвинение в том, что его поставление произошло без согласия верующих и клириков его диоцеза. Значительная часть антихалкидонитов отказалась признать его. По мнению исследователей, общее количество рукоположённых Иаковом Барадеем епископов было незначительным, при этом практически никто из них так и не занял свою кафедру. Отсутствуют сведения, что они при жизни Иакова Барадея рукополагали других епископов. Поставление патриарха-антихалкидонита было также сугубо формальным. Тем не менее, в результате действий Иакова Барадея антихалкидонитская оппозиция в империи приобрела лидеров, которые были теснейшим образом связаны с верховной государственной властью. Такое положение дел вполне соответствовало политике императора Юстиниана, направленной на ликвидацию раскола в церкви. Таким образом, Иаков Барадей, изначально связанный с императорским двором, сыграл основную роль в создании оппозиции, лояльной к властям империи.