Иоанн Пекам отказал в просьбе о дозволении христианского погребения Лливелина ап Грифида, однако, несмотря на это, такое погребение было осуществлено, как полагают исследователи, без ведома и согласия Иоанна Пекама. После смерти Лливелина ап Грифида армию Уэльса возглавил его брат Давид ап Грифид; сопротивление валлийцев англичанам длилось ещё несколько месяцев, но было неудачным: 22 июня 1283 г. Давид ап Грифид был захвачен и вскоре казнён. В течение 1283 г. весь Уэльс был подчинён английской короне; король Эдуард I объявил Гарт-Келин своей собственностью и конфисковал знаки королевского достоинства правителей валлийского королевства Гвинедд. В числе прочего из Уэльса была вывезена и частица Креста Господня, известная как Нейтский крест. 4 мая 1285 г. она была торжественно пронесена по лондонским улицам в процессии, возглавляемой королём и королевой, в которой также принимал участие Иоанн Пекам. У исследователей нет никаких свидетельств политической активности Иоанна Пекама в завершающий период войны с Уэльсом; он ограничивался архипастырской заботой о духовенстве и церквах Уэльса, ходатайствуя перед королём о помиловании клириков, не поддерживавших восстание, а также о восстановлении церковных строений, разрушенных и повреждённых в ходе военных действий. Летом 1284 г. Иоанн Пекам посетил все четыре епархии Уэльса; главной целью архипастырского визита было подтверждение юрисдикции Кентерберийского архиепископа над Уэльсом, а также реформирование валлийской церковной жизни в соответствии с обычаями Английской церкви. Вскоре после возвращения из Уэльса, в октябре-ноябре 1284 г., Иоанн Пекам посетил с архипастырским визитом Оксфорд, где среди прочего подтвердил осуждение аверроистских и томистских тезисов, предпринятое его предшественником Робертом Килуордби в 1277 г. Главой оксфордских доминиканцев, которые отстаивали взгляды Фомы Аквинского, в это время был Рихард Напуэлл (ум. после 1288 г.). Доминиканцы восприняли выступление Иоанна Пекама как нападение на их Орден и немедленно подали апелляцию в Рим, ссылаясь на то, что вынесенное Иоанном Пекамом осуждение не вполне соответствует тексту осуждения Роберта Килуордби. Оглашённое Иоанном Пекамом осуждение вызвало ожесточённые споры в Оксфорде; на это указывает тот факт, что сразу же после своего визита Иоанн Пекам направил канцлеру, магистрам и членам Оксфордского университета специальное послание, в котором утверждал, что не имеет враждебных чувств к доминиканцам и нападает лишь на еретическое учение о единстве формы, которое, по словам Иоанна Пекама, «осудили многие уважаемые лица в разных частях (христианского) мира». Спор между Иоанном Пекамом и доминиканцами продолжился в ряде писем и личных дискуссий, которые относятся к концу 1284 г.; Иоанн Пекам также принял ряд мер против доминиканской апелляции в Риме, направив послания с просьбой поддержать его позицию нескольким дружественным ему кардиналам. Рассмотрение дела в Риме продвигалось крайне медленно, ещё больше замедлила его кончина папы Мартина IV. Между тем ввиду отсутствия определённости, атмосфера в Оксфордском университете оставалась неспокойной, дело дошло до появления особых памфлетов, направленных против Иоанна Пекама.