Хотя Фома Аквинский был убеждённым противником аверроизма и в трактате «О единстве разума против аверроистов» опровергал аверроистское учение о едином активном разуме, существующем отдельно от человеческих индивидов, у теологов старой августинианской школы его взгляды вызывали подозрение ввиду активного использования им идей Аристотеля при решении богословских вопросов. Вследствие этого в «Вопросах о душе» Иоанн Пекам одинаково жёстко критиковал как аверроистское учение о единстве разума, так и учение Фомы Аквинского о душе как единственной субстанциальной форме в человеке. Наибольшей силы полемика между Иоанном Пекамом и Фомой Аквинским достигла к Великому посту 1270 г., когда Иоанн Пекам публично обвинил Фому Аквинского в неправомыслии и на собрании парижских теологов принудил его отказаться от отстаиваемых им взглядов по вопросу о связи между душой и телом. Помимо полемики с аверроистами и Фомой Аквинским в тот же период жизни Иоанн Пекам принимал участие в споре между университетскими теологами из числа белого духовенства («секулярными теологами») и магистрами из нищенствующих монашеских Орденов. Хотя нападки секулярных магистров на монашеский духовный идеал бедности происходили с различной интенсивностью всю вторую половину XIII в., дискуссия особенно обострилась к 1269 г. На стороне секулярных теологов выступали Герард из Абвиля, Николай из Лизьё и Вильгельм из Сент-Амура; позицию нищенствующих монахов отстаивали Фома Аквинский, Бонавентура и присоединившийся к ним Иоанн Пекам. На новогоднем богослужении 1269 г. Герард из Абвиля выступил с проповедью, в которой обвинил францисканцев в том, что их учение о евангельской бедности есть прикрытое еретическое желание ослабить церковь, лишив её богатства и власти. На устные и письменные выступления Герарда из Абвиля и Вильгельма из Сент-Амура Бонавентура и Иоанн Пекам ответили написанием трактатов в защиту бедности: «Apologia pauperum» («Апология бедняков») Бонавентуры и «Tractatus de paupertate» («Трактат о бедности») Иоанна Пекама. Сходство в строении и материале трактатов свидетельствует в пользу предположения, что Бонавентура и Иоанн Пекам работали над ними совместно. В 1270 г. ещё одну попытку защитить нищенствующих монахов от нападок секулярных теологов предпринял Фома Аквинский в трактате «De perfectione spiritualis vitae» («О совершенстве духовной жизни»). Активная деятельность монахов принесла плоды: в феврале 1270 г. Герард из Абвиля вынужден был предстать перед парижским епископом и Собором теологов, защищаясь от обвинений со стороны монахов. Таким образом, позиция Иоанна Пекама и других монахов на некоторое время взяла верх, однако конфликты между секулярными теологами и монашескими Орденами возникали и в 1280–1290 гг. В 1272 г. Иоанн Пекам вернулся в Оксфорд, где продолжил полемику с аверроистами, а также с доминиканцами, которые отстаивали и развивали взгляды Фомы Аквинского. Наиболее значимым представителем доминиканцев в Оксфорде был глава английской провинции доминиканского Ордена, известный теолог Роберт Килуордби (ум. в 1279 г.), в 1273 г. ставший архиепископом Кентерберийским.