Именно исходя из представления о Божественном свете, Иоанн Пекам определяет уразумение и суждение: «уразумевать» (intellegere) для него означает «узнавать в сиянии вечного света свойства вещей», а «выносить суждение» (iudicare) – «сверять то, что уразумевается, с вечными понятиями (rationes aeternae)». Таким образом, истинность любого знания, по учению Иоанна Пекама, в конечном счёте, зависит от воли Бога, изливающего в ум человека Свой свет. Учению о человеческой воле Иоанн Пекам уделял сравнительно мало внимания, однако некоторые выдвинутые им положения предвосхищают развёрнутые концепции воли и её свободы, предложенные последующими августинианскими и францисканскими теологами, например, Генрихом Гентским и Иоанном Дунсом Скотом. По мысли Иоанна Пекама, воля есть сила, тождественная свободному решению (liberum arbitrium), она «движется сама по себе», а также «движет разум и все прочие силы». Свободное решение, согласно Иоанну Пекаму, «есть наивысшая вещь после Бога». В своём движении воля не зависит ни от чего иного; при совершении актов воления она «обращается на саму себя и сама есть предел свойственного ей акта». Обсуждая связь воли и разума, Иоанн Пекам делает акцент на независимости воли, однако признаёт причинную роль разума при инициировании акта воления: «Воля, после того как она возбуждена (excitata) разумом, имеет свободу двигаться или не двигаться в отношении того, что представляется ей разумом; тогда как разум по необходимости склоняется к тому, что повелевает воля». Превосходство воли над разумом Иоанн Пекам обосновывал так же, как позднее это делал Иоанн Дунс Скот: блаженная жизнь достигается в большей степени благодаря воле и её актам, чем благодаря разуму. В отличие от многих схоластов Иоанн Пекам полагал, что бессмертие человеческой души может быть рационально обосновано. В посвящённом доказательству бессмертия души «вопросе» он выделял семь способов обоснования, восходящих к различным авторам: 1) из понятия движущего объекта (Августин Блаженный ); 2) из понятия разумной деятельности (Аристотель); 3) из понятия природного стремления (Ансельм Кентерберийский); 4) из понятия усиления добродетели; 5) из достоинства сущности души (Авиценна); 6) из понятия жизни (Августин Блаженный); 7) из рассмотрения Божественного Промышления. После изложения и анализа всех возможных доводов в пользу бессмертия души Иоанн Пекам делает вывод: «Душа есть сущность бессмертная благодаря милости Творца, вечно сохраняющего её в бытии». Таким образом, предельным основанием бессмертия души, согласно Иоанну Пекаму, является не её природа, но особое Божественное решение даровать ей вечное пребывание. Обсуждая вопрос о посмертном существовании достойных вечного блаженства душ, Иоанн Пекам отмечал, что в состоянии «славы» (gloriae) человеческий разум «будет иметь всякое подобающее ему совершенство», борьба между чувствами и разумом прекратится, и вся в целом человеческая душа со всеми её способностями будет наслаждаться созерцанием Бога. При этом Иоанн Пекам, ссылаясь на Гуго Сен-Викторского, особо отмечал, что объектом этого разумного созерцания, соединённого с волевым актом любви, является «сама Божественная сущность» (divina essentia), а не просто некие проявления (apparitiones) Бога вовне. В таком созерцании человеческая природа возвышается над собой и как бы превосходит саму себя: «Сам Бог движет природу посредством Своего дара и дарует ей способность воспарять превыше себя самой».