Иоанн Пекам особо указывал на то, что желание короля подчинить себе церковь раньше привело к мученической смерти его предшественника, архиепископа Кентерберийского Томаса Бекета (ум. в 1170 г.), который предпочёл быть убитым, но не уступить в вопросе о независимости церкви. Никакой реакции короля Эдуарда I на это послание не последовало; вскоре вопрос о судебной юрисдикции отошёл на некоторое время на второй план в связи с неожиданно начавшейся войной между Англией и Уэльсом. В Вербное воскресенье, 22 марта 1282 г., Давид ап Грифид (ум. в 1283 г.) напал на занятый англичанами замок Хаварден, а затем осадил город Ридлан. Восстание быстро распространилось на другие части Уэльса. Давида ап Грифида поддержал его брат, правитель Уэльса Лливелин ап Грифид (ум. в 1282 г.), и вскоре началась крупномасштабная война, преимущество в которой было на стороне англичан. Несмотря на разногласия с королём Эдуардом I по церковным вопросам, Иоанн Пекам безоговорочно поддержал его в борьбе с мятежным Уэльсом: отправил специальные послания в Уэльс и под угрозой отлучения потребовал покорности английской короне; в апреле 1282 г. Иоанн Пекам направил послание подчинённым ему епископам с повелением отлучать от церкви всех, кто каким-либо образом поддерживает валлийских мятежников. Однако как церковный деятель Иоанн Пекам был противником братоубийственной войны, на что указывает его попытка побудить Лливелина ап Грифида к заключению мира путём личной встречи с ним. Перед встречей Иоанн Пекам и Лливелин ап Грифид обменялись посланиями; Иоанн Пекам также направил к Лливелину ап Грифиду францисканца Иоанна из Уэльса (ум. около 1285 г.) для переговоров. Встреча Иоанна Пекама и Лливелина ап Грифида состоялась в первых числах ноября 1282 г. в резиденции Лливелина Гарт-Келин (ныне Абергуингрегин, Уэльс, Великобритания), до которой Иоанну Пекаму был гарантирован беспрепятственный проезд по валлийским землям. Иоанн Пекам пробыл у Лливелина ап Грифида три дня, однако переговоры не привели ни к каким результатам: король Эдуард I указал Иоанну Пекаму, что заключение мира может произойти лишь при условии безоговорочной капитуляции Лливелина ап Грифида, на что тот не согласился. Некоторые успехи валлийской армии подвигли короля Эдуарда I смягчить условия предлагаемого мира: после своего возвращения от Лливелина ап Грифида Иоанн Пекам по поручению короля отправил к Лливелину ап Грифиду Иоанна из Уэльса с секретным предложением отказаться от титула правителя Уэльса в обмен на гарантии личной неприкосновенности и графство в Англии. Однако и эти предложения были Лливелином ап Грифидом отвергнуты. В ответ 12 ноября 1282 г. Иоанн Пекам направил Лливелину ап Грифиду последнее письмо, полное гневных упрёков в адрес непокорных принцев Уэльса, которое завершалось подтверждением их отлучения от церкви. Вскоре после этого военные действия возобновились; 11 декабря 1283 г. Лливелин ап Грифид попал в засаду и был убит. Находившийся недалеко от места его гибели Иоанн Пекам в специальном письме сообщил королю Эдуарду I об обстоятельствах смерти Лливелина ап Грифида, а также передал текст письма, найденного на теле убитого.