Отношения Иоанна Пекама с Робертом Килуордби складывались непросто: в трактате «Contra Kilwardby» («Против Килуордби») Иоанн Пекам в весьма жёстких выражениях осуждает доминиканские нападки Роберта Килуордби на францисканцев. Однако в вопросе борьбы с аверроизмом позиции Иоанна Пекама и Роберта Килуордби были идентичными: оба считали, что необходимо принимать самые строгие меры, чтобы воспрепятствовать распространению аверроистских взглядов. Иоанн Пекам уехал из Оксфорда в Рим незадолго до 18 марта 1277 г., когда Роберт Килуордби осудил как опасные для веры и ложные 30 аверроистских положений. В число этих положений, как полагают исследователи, под влиянием проводившейся Иоанном Пекамом полемики с последователями Фомы Аквинского, вошли и несколько томистских тезисов о единстве формы, что вызвало негодование многих собратьев Роберта Килуордби по доминиканскому Ордену, считавших Фому Аквинского главным орденским теологом. Церковная карьера Иоанна Пекама в этот период была успешной и стремительной: в 1275 г. он был избран главой английской провинции францисканцев; в начале 1277 г. назначен папой Иоанном XXI (1276–1277 гг.) лектором теологии в Римской курии, вследствие чего покинул Оксфорд и отправился в Рим. В 1279 г. папа Николай III (1277–1280 гг.) отклонил предложение английского короля Эдуарда I (1272–1307 гг.) назначить канцлера Роберта Барнелла (ум. в 1292 г.) архиепископом Кентерберийским вместо Роберта Килуордби, который стал кардиналом Порто и Санта-Руфины в Италии. Выбор папы пал на Иоанна Пекама; о его избрании архиепископом Кентерберийским папа Николай III торжественно объявил в праздник обращения св. апостола Павла, 28 января 1279 г. Во время Великого поста 1279 г. (в первое воскресенье, или в четвёртое воскресенье) Иоанн Пекам был торжественно возведён папой в сан архиепископа; вскоре после этого, в конце марта или начале апреля 1279 г., он отбыл в Англию. По дороге Иоанн Пекам на непродолжительное время останавливался в Париже, откуда направился в Амьен для встречи с королём Эдуардом I. Иоанн Пекам был принят королём 23 мая; Эдуард I благосклонно отнёсся к Иоанну Пекаму, признал его право на архиепископские темпоралии (т.е. на имущество, даруемое королём во временное пользование архиепископу и являющееся источником доходов) и ввёл его в состав королевского совета. В благодарность за доброе отношение к нему короля Иоанн Пекам направил папе Николаю III послание, в котором поддержал Эдуарда I в его споре о статусе Гаскони с французским королём Филиппом III (1270–1285 гг.). Сразу же после прибытия в Дувр Иоанн Пекам отдал распоряжение, чтобы английские суффраганы (подведомственные ему епархиальные епископы Англии) встретили его в Ридинге 30 июля 1279 г.; Иоанн Пекам намеревался провести там Собор Английской церкви, главной задачей которого он считал подтверждение курса церковных реформ, инициированного папой Николаем III на втором Лионском соборе (1274 г.). Время до начала Собора Иоанн Пекам посвятил организации церковной жизни в своей епархии, произведя ряд важных назначений.