В секретном донесении папе Николаю III Иоанн Пекам сообщал, что, будучи епископом городов Бата и Уэльса, Барнелл ведёт неподобающую клирику жизнь, открыто сожительствует с любовницей, тратит огромные суммы на своих пятерых незаконнорождённых детей и повинен во многих других смертных грехах. Несмотря на всё это, ни Иоанн Пекам, ни папа Римский не могли предпринять никаких действий в отношении ближайшего сподвижника короля. Сходная ситуация имела место и в случае Бого де Кларе (ум. в 1294 г.), который владел несколькими десятками бенефициев, тратил доходы с них на собственные удовольствия и никак не реагировал на требования вышестоящих епископов о принятии надлежащей пресвитерской хиротонии. Богатство и влиятельность Бого позволяли ему спокойно игнорировать как королевские, так и архиепископские приказы. Борьба Иоанна Пекама с «плюрализмом» и «непосещением» продолжалась все 1280 гг.; по мнению исследователей, ощутимых успехов в ней он так и не достиг: он сумел лишь устранить некоторые наиболее явные канонические нарушения, но не уничтожил распространённой практики получения многих бенефициев. Будучи не в силах принудить подчинённых ему суффраганов проводить реформы, Иоанн Пекам пользовался единственным доступным ему средством влияния на церковную жизнь в их епархиях: лично посещал английские епархии и на месте принимал меры к устранению канонических и иных нарушений. За первые восемь лет своего управления Английской церковью Иоанн Пекам посетил все её епархии, включая епархии Уэльса. Его главной целью было упорядочение приходской жизни: он добивался, чтобы приходские священники постоянно заботились о духовном преуспеянии вверенной им паствы, стремился искоренить невежество, суеверия и распущенный образ жизни в среде духовенства, указывал на недопустимость для священников стяжательства и призывал к тому, чтобы все доходы духовенства, за исключением необходимого для повседневных нужд минимума, направлялись на дела милосердия. С меньшей интенсивностью посещения епархий продолжались и в последующие годы. Некоторые епархиальные епископы, недовольные деятельностью Иоанна Пекама в их епархиях, направляли протесты в Рим, однако в большинстве случаев их действия не имели успеха. Отношения Иоанна Пекама с монашескими общинами складывались крайне сложно: с одной стороны, будучи францисканцем, он приветствовал особые привилегии, даруемые монахам папами, например, данное папой Мартином IV право проповедовать и принимать исповедь без специального дозволения правящего архиерея. С другой стороны, посещая во время своих епархиальных визитов монастыри и монашеские общины, Иоанн Пекам наблюдал упадок духовной и молитвенной жизни и погружённость монахов в мирские заботы. Принимаемые им меры к исправлению монашеской жизни зачастую имели весьма жёсткий характер, что вызывало недовольство у некоторых приоров, направлявших многочисленные апелляции в Рим. Принятие мер практического характера затруднялось тем, что Иоанн Пекам не мог отстранить от управления тех, кто не желали повиноваться его приказам и прещениям; часто противники Иоанна Пекама пользовались покровительством короля, и архиепископ оказывался против них бессилен.