Большое значение в обращении Иоанна Пекама к монашеской жизни имел и пример его учителя Адама, который оставил ради монашества мирское богатство. В Оксфорде Иоанн Пекам приобщался к францисканской духовной традиции, проходил монашеские послушания и изучал труды основоположника францисканской учёности Роберта Гроссетеста. После того как Адам оставил преподавание, учителями Иоанна Пекама были известные схоласты-францисканцы Фома из Йорка (ум. до 1269 г.) и Ричард Руфус из Корнуолла (ум. около 1260 г.). Для первого характерен интерес к восточной мистике и философии, к неоплатонической традиции, в его сочинениях часто цитируется Авицеброн (Ибн Гебироль), который стал излюбленным арабским автором и для Иоанна Пекама. Ричард Руфус, напротив, был убеждённым последователем Аристотеля и уделял преимущественное внимание логическим и метафизическим вопросам. После окончания послушничества в Оксфорде, предположительно между 1257 и 1259 гг., Иоанн Пекам вернулся в Париж. Никаких подробностей о его деятельности в Париже в 1260 гг. исследователям не известно, однако они полагают, что к 1269 г. Иоанн Пекам получил степень магистра теологии и начал преподавание в Парижском университете и парижской францисканской школе. В число его учителей и коллег-францисканцев в Париже входили: ученик Бонавентуры Вальтер из Брюгге (ум. в 1307 г.), Иоанн из Уэльса (ум. в 1285 г.), Вильгельм де ла Мар (ум. около 1285 г.), Роджер Бэкон. Не менее известны и некоторые из его парижских учеников, ставшие впоследствии крупными теологами-схоластами: Матфей из Акваспарты (ум. в 1302 г.), Пётр Иоанн Оливи (ум. в 1298 г.), Роджер Марстон (ум. около 1303 г.). Многие сочинения Роджера Марстона являются пересказом лекций и трактатов Иоанна Пекама, что способствовало популяризации взглядов Иоанна Пекама среди францисканцев; исследователи полагают, что именно через Роджера Марстона с идеями Иоанна Пекама познакомился Иоанн Дунс Скот (ум. в 1308 г.). Иоанн Пекам пользовался покровительством при королевском дворе: исследователям известно, что его связывали дружеские отношения с королевой Маргаритой (ум. в 1295 г.), супругой короля Людовика IX Святого. Второй парижский период жизни Иоанна Пекама – время его наибольшей интеллектуальной и литературной активности. Помимо значительного числа мелких сочинений к этому периоду исследователи относят комментарии Иоанна Пекама к Священному Писанию, которое он должен был толковать как «библейский бакалавр», «вопросы» по «Сентенциям» Петра Ломбардского, отражающие его преподавательскую деятельность в качестве «сентенциарного бакалавра»; несколько собраний «вопросов на различные темы» (quodlibeta) и корпус «вопросов для обсуждения» (quaestiones disputatae). Значительное внимание, которое уделяется в этих вопросах обсуждению темы человеческой души, обусловлено тем, что Иоанн Пекам принимал активное участие в парижских спорах 1269–1271 гг., связанных с критикой взглядов латинских последователей Аверроэса (Ибн Рушда). Роджер Марстон описывал, как он был свидетелем одной из дискуссий в Парижском университете, проходившей под председательством Герарда из Абвиля (ум. в 1272 г.), на которой присутствовали Иоанн Пекам, Фома Аквинский (ум. в 1274 г.) и ещё 24 теолога.