В 1910 г. в Иркутском монастыре были проведены водопровод и канализация. Вода из Ангары поступала во все корпуса монастыря и в гостиницы. В ограде Иркутского монастыря находились роскошные усыпальницы иркутских благотворителей Базановых, Бутиных и Трапезниковых; в монастыре также похоронены архимандрит Вонифатий (Березин), префект Иркутской духовной семинарии архимандрит Иннокентий (Суханов), архимандрит Павел (Некрасов), игумен Гавриил (Копырин), строитель старец Исаия, коллежский советник П.П. Гирязин и др. После 1917 г. начались гонения на братию. По воспоминаниям насельника Иркутского монастыря игумена Евгения (Краснопёрова; ум. около 1964 г.), «во время революции» в монастырском храме расстреляли 30 монахов. В декабре 1918 г. в Иркутском монастыре состоялось отпевание архиепископа Иркутского Иоанна (Смирнова), в котором принимал участие и настоятель обители Киренский епископ Борис (Шипулин). В марте 1920 г. – январе 1921 г. власти вывезли из Иркутского монастыря часть утвари, не употреблявшейся при богослужении, в том числе архиерейский жезл, 17 лампад и водосвятную чашу (Государственный архив Иркутской области). 24 января 1921 г. в Иркутском монастыре в присутствии епископа Бориса (Шипулина) отряд красноармейцев и сотрудников ОГПУ осуществил вскрытие мощей Иннокентия, которые вскоре были вывезены в Москву. В том же году из храмов и обителей Иркутской епархии началось масштабное насильственное изъятие церковных ценностей. 23 марта 1922 г. губернская комиссия по изъятию церковных ценностей вывезла из монастыря 220 «предметов» из золота и серебра, в том числе раку Иннокентия, богослужебные сосуды, оклады, подсвечники. Вскоре Иркутский монастырь был закрыт, но по договору Иркутского уездного исполкома с «Подгородно-Жилкинской общиной верующих» в октябре 1923 – 1925 гг. в храмах Иркутского монастыря совершались богослужения. По некоторым сведениям, в 1924 г. архиерейская ризница монастыря была реквизирована в пользу обновленческого «архиепископа» Василия Виноградова, возглавлявшего неканоническое Иркутское епархиальное управление. В 1924 г. в нескольких зданиях Иркутского монастыря был размещён детский дом «Трудовая жизнь». В уникальной Тихвинской церкви, с 1925 г. находившейся под охраной государства, разместили древлехранилище, сложили иконы, портреты настоятелей и архиереев, а также разобранный иконостас Успенской церкви. В 1932 г. была разрушена Смоленская церковь, в 1933 г. взорван Вознесенский собор, в 1930 гг. снесены Тихвинская церковь, колокольня, часовни, ограда. В 1938 г. была закрыта и переоборудована под клуб Михаило-Архангельская церковь на станции Иннокентьевская, но в 1944 г. храм был возвращён РПЦ. Монастырский Успенский храм в советские годы был переоборудован под клуб. К 2011 г. сохранились два каменных братских корпуса, здания школы с братской кухней, несколько хозяйственных построек, а также Успенская церковь с трапезной, в которой с августа 1998 г. проводились реставрационные работы, и совершаются богослужения. 28 мая 2009 г. архиепископ Иркутский и Ангарский Вадим (Лазебный) освятил часовню в честь Вознесения Господня на месте алтаря взорванного монастырского собора.