Указ Синода от 1 декабря 1804 г. определил открыть мощи и установить общецерковное празднование святителю. 2 февраля 1805 г., на праздник Сретения Господня, Иркутский епископ Вениамин (Багрянский) с сонмом духовенства переместил мощи святителя Иннокентия из склепа на середину Тихвинской церкви, а 9 февраля торжественно перенёс из Тихвинской церкви в Вознесенский собор. 28 июля 1806 г. на раку с мощами святителя было положено «парчовое покрывало, с золотою бахрамой и кистями». 16 февраля 1808 г. епископ Вениамин переложил мощи в новую, серебряную раку, изготовленную московскими мастерами на средства иркутского купца первой гильдии Николая Прокофьевича Мыльникова. 24 июня 1891 г., во время посещения Иркутского монастыря, наследник, будущий император Николай II пожертвовал сребропозлащённую лампаду, которую повесили перед ракой с мощами св. Иннокентия. Преемник Иннокентия (Кульчицкого) епископ Иннокентий (Нерунович), 14 лет проживший в обители, безуспешно пытался добиться от вице-губернатора Алексея Львовича Плещеева перевода архиерейского дома из пригородного монастыря в центр Иркутска, к кафедральному Богоявленскому собору. Только третий епископ – Софроний (Кристалевский) переселился из Иркутского монастыря в новый архиерейский дом в центре Иркутска. 14 мая 1754 г. епископ Софроний возвёл настоятеля Иркутского монастыря иеромонаха Синесия (Иванова) в сан архимандрита. В 1764 г. Иркутский монастырь был причислен к третьему классу с игуменским управлением; вместо отобранных вотчин обители полагалось денежное содержание 806 руб. 30 коп. в год и отводилось шесть десятин земли. Благодаря деятельности Иркутского святителя Софрония (Кристалевского) и его ближайшего помощника Синесия (Иванова) в этих сложных условиях монастырь не был закрыт. В 1794 г. Иркутский епископ Вениамин (Багрянский) безуспешно ходатайствовал о возведении настоятеля Иркутского монастыря в сан архимандрита. 18 декабря 1797 г. Иркутский монастырь стал второклассным, в 1836 г. получил степень первоклассного, в 1861 г. преобразован из штатного в общежительный. Среди настоятелей Иркутского монастыря были архимандрит Антоний (Платковский), Иакинф (Бичурин), будущие епископы Калужский Николай (Соколов; ум. в 1851 г.), архиепископ Черниговский Варлаам (Денисов), архиепископ Таврический Мартиниан (Муратовский; ум. в 1898 г.) и др. В августе 1883 г. для улучшения миссионерской деятельности при Иркутском монастыре учреждается кафедра викарного епископа Киренского, который управлял монастырём и был начальником Иркутской миссии до 1920 гг. Во второй половине XIX в. в Иркутском монастыре совершались хиротонии во епископов на Селенгинское и Киренское викариатство Иркутской епархии. В 1900 г. в Иркутском монастыре проживало 250 насельников, в 1914 г. – 143, в том числе семь иеромонахов, архидиакон, девять иеродиаконов, схимонах, восемь монахов. В XVIII – начале XX вв. Иркутский монастырь был одним из центров духовного просвещения в Восточной Сибири. Указом Тобольского митрополита Антония (Стаховского) от 24 февраля 1725 г. при Иркутском монастыре учреждалась переводческая «школа мунгальскаго языка»; митрополит благословлял «для учения во оную школу ныне мунгальскаго, а потом китайскаго языков собирать причетнических детей и сирот, к учению потребных».