В 1725–1726 гг. настоятель архимандрит Антоний безуспешно добивался приписки к Иркутскому монастырю «малого пустынного» Усть-Киренского монастыря для пополнения средств на содержание школы. В 1728 г. Иннокентий (Кульчицкий) реформировал школу, назвав её Славяно-русско-монгольской, передал часть своего жалованья на её содержание. По его инициативе другие епархиальные монастыри обязались предоставлять средства на содержание школы в Иркутский монастырь: например, селенгинский во имя Святой Троицы монастырь содержал десять учеников, Киренская обитель – восемь, а Посольская Преображенская обитель – семь учеников. К 1730 г. на монгольском отделении школы обучалось 25 человек, на русском – десять человек (в программу входили русский, церковнославянский, латинский языки, богословие, арифметика, риторика и другие науки). При епископе Иннокентии (Неруновиче) Славяно-русско-монгольская школа была преобразована в Славяно-русско-латинскую школу (с 1741 г. в деловой переписке именовалась «семинарией»), обучалось в ней 60 человек. Около года в школе преподавал латинский язык и риторику будущий Московский архиепископ Алатон (Малиновский). В 1760 г. школа была переведена в архиерейский дом в Иркутске. Указом Синода от 27 июля 1793 г. при игумене Гаврииле (Копырине) в Иркутском монастыре была открыта больница, а в 1839 г. – училище для обучения грамоте крестьянских детей. В 1897–1898 гг. близ монастырской ограды было построено двухэтажное здание для двухклассного миссионерского училища с полным содержанием на 40–50 учеников из «бурятских детей». 14 сентября 1899 г. здание училища сгорело. В 1898 г. в Иркутском монастыре была организована рисовальная школа для любителей церковной живописи. В 1900 г. в Иркутском монастыре открылась начальная школа грамоты, в которую принимались дети-сироты с хорошим голосом и слухом (в 1909 г. – 23 ученика, в 1913 г. – 40). Ученики проживали в монастыре под присмотром надзирателя. В Иркутском монастыре не было постоянно действующей иконописной мастерской, и для художественных работ в обитель приглашались мастера из Иркутска и других городов. В 1745–1747 гг. дьякон иркутского Богоявленского собора Стефан Иванович Копылов написал иконы для иконостаса монастырской Успенской церкви. В 1787–1788 и 1798–1800 гг. Иркутский монастырь возглавлял архимандрит Вонифатий (Березин; ум. 4 января 1800 г.), талантливый иконописец, который происходил из знаменитой семьи устюжских художников. Портрет настоятеля архимандрита Синесия (Иванова), написанный архимандритом Вонифатием, хранится в иркутском Знаменском соборе. В 1793 г. «за поделку и заставление Большевознесенской церкви иконостаса» иркутский отставной казак Осип Серёдкин получил 80 руб. В 1800–1801 гг. Осип Серёдкин изготовил остов иконостаса монастырской Смоленской церкви, а иконы написал вятский мещанин Д. Швецов. В 1820 г. «иркутскому мещанину Ивану Гундерину за написание двух образов в Сретенскую церковь плачено 50 р.», а «рещику Высокосову за сделание новых царских врат в Сретенскую церковь» отдано 40 руб. В 1819 г. иконописец Н. Сергеев расписал стены в настоятельских покоях, в 1820 г. вызолотил иконостас.