Введение метрических книг во Львовской епархии оказало влияние на использование такого рода документации в других епархиях Киевской митрополии, а также опосредованно в великорусских епархиях и в православных епископиях в Молдавии и Трансильвании. Другой частью реформы, полностью осуществившейся после перехода Иосифа и Львовской епархии в унию, стали отстранение от управления епархией епархиального крылоса (капитула), глава которого традиционно занимал должность епископского наместника (официала), и передача значительной части полномочий крылоса василианам. Эти нововведения совпали по времени с централизацией управления монастырями епархии. В июле 1700 г. Иосиф дал грамоту («Правила») о «восстановлении» Львовского епархиального крылоса, в которой попытался установить равновесие между административными полномочиями разных групп духовенства после фактического устранения львовских крылошан от контроля над кафедральным собором и лишения их доступа к таким важным должностям, как генеральный наместник, член духовного суда и член консистории. В 1700 г. Иосиф расширил полномочия свято-юрских крылошан в пределах центра епархии, в частности, по отношению к членам неставропигиальных братств и другим группам мирян. При его непосредственном участии во Львове был создан важный центр украинского искусства. С 1691 г. на архиерейском дворе работал прибывший из Креховского монастыря гравёр иеромонах Никодим (Зубрицкий), который создал ряд шедевров гравюры на дереве. Технику гравирования в этот период развивал также игумен Свято-Юрского монастыря Дионисий (Синкевич). В 1687 г. Иосиф открыл во Львове епархиальную типографию, в которой были изданы написанная Иосифом «Метрика...» (1687 г.), Псалтирь (1688 г.), первый на восточнославянских землях нотолинейный Ирмологий (1700 г.). Редакторами Ирмология были игумен Свято-Юрского монастыря Иосиф (Скольский) и львовский иеромонах Иосиф (Городецкий), написавший послесловие к книге. Около 1685 г. по заказу Иосифа для Свято-Юрского собора был изготовлен новый иконостас. Иосиф опекал монастыри своей епархии – Ильинский (Крылосский) в Старом Галиче, Свято-Юрский при львовском кафедральном соборе (для него архиерей установил «Порядок жития монастырского»), Угорницкий Михайловский (в селе Угорники Ивано-Франковской области), Беседский Успенский (в селе Беседы Львовской области), Манявский Крестовоздвиженский скит. Для игумена Беседского монастыря Филарета (Служки) Иосиф в 1677 г. составил сборник правил «Листвица, или Узаконение истиннаго общежительнаго жития иноком монастира Беседскаго». В 1679 г. восстановил Крылосский монастырь после нападения татар в 1676 г., подарил обители новую церковную утварь и книги. Иосиф возродил в Гоще Михайловский монастырь и коллегию, сгоревшие в 1672 г. и переданные ему в 1679 г., возобновил связь Гощанского училища с Киево-Могилянской академией. Около 1682 г. основал мужской монастырь в городе Жолква при приходском храме Рождества Христова, куда в 1690 г. по инициативе Иосифа были перенесены мощи Иоанна Нового, Сочавского; в монастыре жил изгнанный с кафедры Сучавский митрополит Досифей, в погребении которого в 1693 г. Иосиф принял участие.