Ян Собеский 16 сентября 1674 г. и 10 марта 1675 г. объявлял Иосифа законным епископом Львовским, а его соперника Иеремию (Свистельницкого) называл бунтовщиком, указывая, что свой привилей на Львовское епископство тот получил от короля посредством симонии, и призывал Иеремию прекратить сопротивление. К середине 1670 гг., после окончания длительной и напряжённой борьбы с Иеремией (Свистельницким) и Антонием (Винницким), пользуясь поддержкой короля и Константинопольского патриарха, Иосиф установил контроль над галицко-львовской частью своей епархии. Он не мог управлять Подольем, поскольку в 1672 г. эта часть его диоцеза была захвачена османами, и в 1681 г. в Подолье была создана митрополия, подчинённая Константинопольскому патриарху, во главе с Панкратием, «митрополитом Каменецким, и Подольским, и всей Малой Руси, экзархом константинопольским». В первой половине 1670 гг. при содействии нового короля Иосиф стал претендовать на имения Киевской митрополии в Речи Посполитой – на Волыни и в Белоруссии, добиваясь от короля назначения на должность администратора Киевской митрополии. Именно из-за этого, по мнению Виктора Ипатьевича Аскоченского, резко охладились отношения Иосифа (Шумлянского) как с митрополитом Иосифом (Нелюбовичем-Тукальским), так и с гетманом П.Д. Дорошенко, который арестовал Иосифа в 1671 г., после чего епископ был доставлен в Чигирин и заточён в тюрьму. Как сообщается в «Летописи самовидца» и в хронике Александра Ивановича Ригельмана, Иосифа задержали в Могилёве-Днестровском (ныне Могилёв-Подольский, Винницкая область) в январе 1671 г., во время объезда им епархии. П.Д. Дорошенко «велел взять и привесть его в Чигирин со всем его клиром, что видя, народ, случившийся на ярмарке тут крещенской, такому усильному взятию архиерея соболезновал, а потом дали немедленно о сем знать Киевскому митрополиту (Иосифу), который коль скоро к Дорошенке об отпуске епископа того просительно отписал, тотчас отпустил тот его по прежнему». Иосиф пробыл в заключении около двух месяцев и вернулся во Львов 14 марта 1671 г. Несмотря на конфликт с П.Д. Дорошенко, Иосиф с 1671 г. ездил к нему на переговоры как посланник короля. Ссылаясь на плохое состояние здоровья и преклонный возраст Иосифа (Нелюбовича-Тукальского), привилеем от 10 мая 1675 г. Ян Собеский назначил Иосифа (Шумлянского) временным администратором Киевской митрополии с предписанием выполнять обязанности «так долго, пока будет жить больной... отец митрополит». 14 декабря 1679 г. Иосиф был утверждён в статусе постоянного администратора Киевской митрополии. На этом посту он приложил усилия, чтобы утвердить свою власть не только над владениями митрополии на Правобережье, но и над находившимися здесь имениями Киево-Печерского монастыря. 30 июля 1677 г., после тайного принятия Иосифом унии, король Ян Собеский дал ему привилей на Киево-Печерскую архимандритию и часть монастырских имений. 10 мая 1682 г., после подтверждения своей приверженности унии, Иосиф получил привилей на все имения архимандритии в Речи Посполитой (три города, местечко и 53 села), которыми Львовский епископ владел до своей смерти. Иосиф присвоил себе титул архимандрита киево-печерского, несмотря на то что в 1656–1683 гг. эту должность занимал архимандрит Иннокентий (Гизель), который в 1677 г. подал протест в королевский суд, обвинив Иосифа в незаконном усвоении себе титула киево-печерского архимандрита.