Ярким примером являются действия жидачевского старосты Ян Франтишек Дзедушицкого в 1678 г. и администраторов Бобрского староства в начале XVIII в., которые преследовали православное духовенство, несмотря на протесты Иосифа и штрафы, налагавшиеся на них королевскими чиновниками. За сорокалетнее архиерейское служение Иосиф провёл в Галицкой Руси, на Подолье и на Брацлавщине значительные церковно-административные реформы. Его деятельность имела целью получение православным духовенством равных прав с римско-католическими клириками, обретение православными в Польско-Литовском государстве религиозных и политических свобод, освобождение православных священнослужителей от юрисдикции светских властей и частных лиц, обновление и укрепление институтов епархиального управления, повышение уровня образованности клира и паствы. Новые тенденции в жизни православной Львовской епархии в последней четверти XVII в. стали, с одной стороны, продолжением реформ 1630–1640 гг. митрополита Петра (Могилы), с другой стороны, попыткой осуществления Иосифом собственной церковно-культурной программы. Реформы Иосифа во многом ориентировались на инновации католической и протестантской церквей. Преобразования в епархиальной жизни обсуждались и утверждались на собраниях духовенства. Документы сообщают о проведении в последней трети XVII в. во Львове не менее 16 епархиальных Соборов. Сохранились «правила и деяния» одного Собора, который прошёл в 1669 г. Этот Собор рассматривал проблему служения священников-двоеженцев, обсуждал неумение части духовенства служить литургию, пытался усовершенствовать практику заключения браков (в частности, ввёл предвенчальные опросы прихожан), боролся с языческими обычаями среди мирян (например, с практикой выкапывания «упырей» из гробов). Собор обратил внимание на порядок получения клириками рекомендательных писем (презент) от ктиторов, а также антиминсов от архиереев, на уплату священнослужителями епископу подати – «куничего» («катедратика»). Были уточнены обязанности протопопов-наместников, определена материальная база церковных учреждений (фундуши), о которой должны были позаботиться приходские братства мирян. В правилах Собора 1669 г. отразились особенности церковной жизни в Галицкой Руси в этот период, в частности, служение в приходских храмах многочисленных бродячих священников. При Иосифе во Львовской епархии стал более эффективным церковный суд, который использовался для укрепления дисциплины среди приходского духовенства и мирян и для контроля над проведением в жизнь реформы. В церковном суде рассматривались три основные группы дел: споры между священниками, матримониальные отношения и нарушение церковной дисциплины мирянами, а также связанные с церковными учреждениями финансовые споры. Важнейшими частями реформы епархиального управления стали введение в приходскую практику метрических книг (в 1680 и 1687 гг.) и реформирование крылосов (капитулов, корпораций соборного духовенства), которые начались в 1685 г. и продолжались до 1740 гг. включительно.