После закрытия выставки более 70 лет о местонахождении святыни достоверных сведений не было. В 1990 г. нетленные мощи были обнаружены в одном из подсобных помещений церкви Николая Чудотворца (Николы Надеина) в Ярославле. По благословению епископа Иркутского и Читинского Вадима (Лазебного) в Ярославль были направлены клирики епархии. 19 августа 1990 г., в праздник Преображения Господня, святыня была принесена в Толгский ярославский монастырь. Здесь мощи положили в гроб, где прежде покоились останки Игнатия (Брянчанинова), и поездом доставили в Иркутск 2 сентября 1990 г. Множество людей, несмотря на поздний час, собралось на привокзальной площади. 3 сентября мощи были поставлены в соборе иркутского Знаменского монастыря. С 1994 г. в декабрьские дни празднования памяти Иннокентия в Иркутске проводятся Иннокентьевские чтения (сначала ежегодно, с 2007 г. – раз в два года). В 1995 г. для поощрения православных литераторов, живописцев, деятелей науки и искусства по благословению епископа Иркутского Вадима учреждена ежегодная премия во имя святителя (трёх степеней). Среди лауреатов – писатель Валентин Григорьевич Распутин, архитектор Валерий Трофимович Щербин, заслуженный художник России Анатолий Георгиевич Костовский и другие деятели культуры Приангарья. В 2005 г. праздновалось 200-летие обретения мощей Иннокентия. По благословению архиепископа Вадима в епархии возродилась деятельность братства святителя Иннокентия (1901–1920 гг.). Братство издавало и распространяло духовную литературу, организовывало библиотеки и читальни, проводило религиозно-нравственные беседы и чтения. При братстве существовал благотворительный отдел, содержавший на свои средства богадельню для престарелых и бездомных, а также детская бесплатная столовая (с 1910 г.), отдел трезвости (с 1914 г.). В 1910 гг. братство открыло филиалы в сельских приходах. В годы Первой мировой войны использовало накопленный опыт благотворительной работы для помощи беженцам. Возрождённое в 2005 г. братство занимается распространением информации о жизни и трудах небесного покровителя Сибири. С 3 сентября по 8 октября 2005 г. специальный поезд с мощами Иннокентия совершил крестный ход по маршруту Иркутск-Тайшет-Северобайкальск-Комсомольск-на-Амуре-Хабаровск-Владивосток-Биробиджан-Благовещенск-Чита-Улан-Удэ-Иркутск. В юбилейный год была издана книга-альбом Валентины Васильевны Сидоренко «Первосвятитель Иркутский Иннокентий I (Кульчицкий)» (Иркутск, 2006 г.), снят видеофильм «Святитель Иннокентий Иркутский» (М. Аристова, М. Филатова, ИГТРК, 2005 г.). «Светильником Церкви пресветлым, озарившим лучами доброт своих страну Сибирскую» именует церковь Иннокентия – одного из наиболее чтимых Сибирских святых.