Указом от 16 ноября 1731 г. Сенат удовлетворил прошение и установил дополнительное содержание епархии (506 руб. 25 коп., выдавались также рожь, овёс, церковное вино). Много трудов Иннокентий положил на строительство новых и благоукрашение имеющихся храмов и монастырей. Было возведено и восстановлено десять церквей, т.е. пятая часть всех храмов, построенных в епархии за сто лет до правления Иннокентия. Так, в Иркутске по его благословенной грамоте от 8 мая 1729 г. была освящена церковь в честь Владимирской иконы Божьей Матери; начато строительство двухпрестольной церкви в честь Успения Пресвятой Богородицы в селе Оёк (современный Иркутский район), церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы в селе Олонки (современный Боханский район). Заботясь о повышении уровня образования, Иннокентий предписал всем клирикам отдавать детей для обучения в Славяно-русскую школу при иркутском Вознесенском монастыре, в 1728 г. преобразованную им из бывшей «мунгальской» (ранее она существовала лишь как школа переводчиков). В среде приходского духовенства школьное образование не всегда считалось необходимым. Столкнувшись с трудностями по комплектованию школы, Иннокентий прибегал к крайним мерам: например, в 1727 г. для сбора учащихся испросил шесть солдат, при помощи которых и удалось провести набор. Кроме того, ввёл штраф в размере 15 руб. за неотправку детей духовенства в школу. Для школы приобретал много книг на монгольском языке, религиозных, исторических и др. Иннокентий расширил учебную программу школы: наряду с изучением китайского и монгольского языков включил в неё преподавание русского и церковнославянского языков. По преданию, лично изготавливал для учеников так называемые чирки, иногда сам проводил занятия. Вопреки предписаниям Синода Иннокентий принимал в школу учеников из различных сословий, их число в 1730 г. достигло 35 человек. Часть своего жалованья передавал на содержание школы, благодаря чему увеличились годовые выплаты учителям со 100 до 150 руб. Также для школьных нужд Иннокентий был вынужден обложить причт епархии особым налогом: 50 коп. со священника, 30 коп. с диакона, 10 коп. с причётника ежегодно. Епархиальные монастыри призвал обеспечивать учеников всем необходимым. Так, Посольская Преображенская обитель содержала семь учеников, ежемесячно отпуская каждому 10 алтын денег, два пуда муки, пять фунтов круп, два фунта соли. Благодаря стараниям Иннокентия сибиряки получили доступ к образованию в стенах первого в Восточной Сибири учебного заведения. Большое внимание уделял просвещению христианской верой бурят и других народностей, населявших обширную Иркутскую епархию.