28 октября 1804 г. мнение Синода было утверждено Государем». Указ Синода от 1 декабря 1804 г. определил открыть мощи и установить общецерковное празднование Иннокентия 26 ноября (т.к. 27 ноября, в день преставления святителя, совершается празднование иконе Божьей Матери «Знамение», и в Иркутске проводится общегородской крестный ход в Знаменский монастырь). Общецерковное прославление «проповедника веры во языцех монгольских», состоявшееся 1 декабря 1804 г., стало одним из самых знаменательных событий в истории православия в Сибири. 2 февраля 1805 г., на праздник Сретения Господня, Иркутский епископ Вениамин (Багрянский) с сонмом духовенства переместил мощи Иннокентия из склепа на середину Тихвинской церкви. 9 февраля мощи торжественно перенесли из Тихвинской церкви в Вознесенский собор. С этого времени 9 февраля празднуется обретение мощей святителя. В 1807 г. в Иркутскую духовную семинарию поступил Иван Попов – будущий святитель Иннокентий (Вениаминов), «апостол народов Америки и Сибири», в честь которого при пострижении в монашество он принял имя и которого почитал всю жизнь. Другой известный миссионер, начальник 18-й миссии в Китае митрополит Пекинский и Китайский Иннокентий (Фигуровский), при постриге также принял имя в честь Иннокентия. В 1863 г. обветшавший Вознесенский собор был разобран, мощи Иннокентия временно были поставлены в монастырской Успенской церкви, 15 октября 1872 г. перенесены в новый собор Вознесенского монастыря. В сентябре 1880 г. Люблинский  епископ Модест (Стрельбицкий) обратился к Иркутскому  архиепископу Вениамину (Благонравову) и настоятелю обители с просьбой передать ему в дар ветхую митру с главы святителя. Вместо неё епископ Модест заказал в мастерской екатеринбургского Новотихвинского женского монастыря новую, богато украшенную митру, которую предлагал возложить на главу Иннокентия в благодарность за его «молитвенные пособия». В ноябре 1881 г. архиепископ Вениамин с насельниками открыл раку и заменил старую митру новой, присланной из Екатеринбурга. В XIX в. мощи Иннокентия не раздроблялись. В ответ на просьбу своего друга архиепископа Владимира (Петрова) передать ему частицу мощей архиепископ Вениамин вспоминал, как при замене митры он «усмотрел, что, по крайней мере, от главы святителя решительно нельзя ничего отделить. Покров, бывший на лице его, исполнен был сильного благоухания. Я взял его себе, а отцу настоятелю предоставил покрыть снова лицо другим, новым». В XIX в. на раке с мощами лежала рукописная книга «Житие святителя Иннокентия, первого епископа Иркутского (и описание совершённых им после смерти чудес)», в которой собрано больше сотни свидетельств совершившихся по предстательству Иннокентия чудесах с 1766 по 1843 гг. (рукописная копия этой книги хранится в отделе редких изданий и рукописей Одесской государственной научной библиотеки имени Максима Горького).