Также Иннокентий просил для членов миссии достойного жалованья, «дабы живучи там милости у татар не брать и России бесчестия не делать», и специальную грамоту, чтобы «к хинскому императору» было «удобнее и смелее» обращаться. По указу Синода уже в марте того же года для новой миссии выделили из Патриаршей ризницы облачения, богослужебные предметы, книги всего богослужебного круга, учебники и даже митру, принадлежавшую архимандриту Илариону (Лежайскому) – начальнику первой миссии. 19 апреля 1721 г. Иннокентий вместе с двумя иеромонахами, двумя иеродиаконами (в том числе с иеродиаконом Филимоном), пятью певчими, поваром и двумя служителями отправился в «Хинское царство» (Китай). Из Санкт-Петербурга до Иркутска Иннокентий и его соратники добирались больше 11 месяцев. После прибытия в Иркутск в начале марта 1722 г. Иннокентий направил несколько писем «Тушетухану владельцу мунгальскому», чтобы им было разрешено въехать в Китай. Временно остановился в селенгинском во имя Святой Троицы монастыре, но ответа на письма так и не получил. В октябре того же года Иннокентий сообщил в Синод: «Не имам где главы приклонити: скитаюся бо, со двора во двор из дому в дом преходяще». В марте 1723 г. писал: «Со всякою покорностью извещаю, что стою на границе ни в сих, ни в тех: в Китай для означенной мной миссии не приемлют, но и писем никаких к нам сюда не пропускают. А назад без указа св. правления ступить не смею, хотя и не без нужды пребываю». Тогда Синод принял решение о переводе Иннокентия в Селенгинск. Возможными причинами неудачного посольства в Китай стали интриги иезуитов при дворе китайского императора, не желавших допустить православного архиерея в Китай, неудачная редакция грамоты, посланной китайскому правительству ещё до прибытия епископа в Селенгинск, в которой он именовался «Великим Господином» (китайские власти отказались принять духовное лицо с титулом, который приравнивал его ко второму лицу государства), и, наконец, жёсткая позиция китайских властей, которые из-за нерешённых пограничных вопросов (в том числе о беженцах) не хотели идти ни на какие уступки русскому правительству. По мнению исследователей, препятствием для проезда миссии в Китай послужили и интриги архимандрита Антония (Платковского), который сам хотел стать начальником Пекинской миссии. Иннокентий с сотрудниками был вынужден жить в Селенгинском монастыре около трёх лет без каких-либо средств к существованию. Ожидая конца дипломатических переговоров, писал иконы, выполнял различные монастырские работы. Здесь изучил монгольский и другие языки и начал проповедовать христианство среди языческого населения забайкальских бурят.