Чудеса, происходившие от мощей святого и по молитвам к Иннокентию с 1766 по 1803 гг., подробно описаны в «Иркутских епархиальных ведомостях» (впоследствии изданы отдельной книгой). По некоторым сведениям, одну из лампад, висевшую над ракой Иннокентия, пожертвовал монастырю будущий император Николай II. В честь святителя в Иркутске были освящены храм на железнодорожной станции Иннокентьевская (ныне Иркутск-Сортировочный), деревянная церковь (1913–1915 гг.; закрыта в 1939 г.) Глазковского предместья (ныне ул. Профсоюзная), Николо-Иннокентиевская церковь (1858–1859 гг.; закрыта в 1934 г.), церковь (1914 г.) при гражданской Кузнецовской больнице, храм (1908 г.) при Ремесленно-воспитательной школе Трапезникова, а также церкви в городе Алзамай (Нижнеудинский район), в селе Аларь (Аларский район), в деревне Архиереевке (Усольский рийон), в селе Бадар (Тулунский район), в сёлах Белоусово и Залог (Качугский район), в деревне Голикова (Нижнеилимский район), в деревнях Коты и Степановка (Иркутский район), в селе Красноярове и деревне Мутина (Киренский район), в селе Нукуты (Нукутский район), в селе Невон (Усть-Илимский район), в сёлах Турука и Омолой (Усть-Кутский район) и др.; приделы в Вознесенском соборе и Тихвинской церкви Вознесенской обители, в Казанском кафедральном соборе, в иркутской церкви во имя святых Прокопия и Иоанна Устюжских, в Покровском храме города Тулун и др. Святитель издавна почитался в Енисейском крае, который с учреждением Томской епархии (1832 г.) был поделён между Тобольской и Иркутской епархиями, а с 1834 г. вошёл в состав Иркутской епархии. Только в 1861 г. была образована самостоятельная Енисейская епархия. Свидетельством почитания Иннокентия стало учреждение в Красноярске братства святителя Иннокентия. В 1914 г. по ходатайству епископа Енисейского и Красноярского Никона (Бессонова) Синод разрешил перенести из Иркутска в Красноярск частицу мощей Иннокентия. 14 июля 1914 г. святыня была торжественно принесена в красноярский Богородице-Рождественский кафедральный собор. В дни памяти Иннокентия (26 ноября и 9 февраля) в Красноярске совершались крестные ходы из кафедрального собора в дом братства святителя Иннокентия. В воздвигнутой в начале XIX в. Троицкой кладбищенской церкви Красноярска был устроен зимний придел во имя Иннокентия. 24 января 1921 г. отрядом красноармейцев и сотрудниками ОГПУ мощи Иннокентия были вскрыты и вскоре вывезены из иркутской Вознесенской обители. В марте того же года по распоряжению губисполкома мощи были доставлены в Москву и выставлены в музее Народного комиссариата здравоохранения с табличкой «Сибирская мумия». В статье, напечатанной в журнале «Революция и Церковь», говорилось: «Коллекция мумифицированных трупов на выставке Наркомздрава за 1921 год обогатилась новыми экспонатами..., из Красноярска доставлен мумифицированный труп епископа Иннокентия».