В рамках начатых на втором Ватиканском соборе (1962–1965 гг.) общих реформ и обновления (см. Aggiornamento) Римско-католической церкви учение и практика индульгенций подверглись изменениям. Ещё на этапе подготовки Собора в предложениях по его тематике (vota) некоторые католические епископы и богословы отмечали необходимость выработки нового понимания индульгенций и реорганизации норм их предоставления. 24 июля 1963 г. папа Римский Павел VI поручил главе Апостольской пенитенциарии кардиналу Фернандо Ченто сформировать богословскую комиссию для подготовки проекта (схемы) соборного документа по реформе системы индульгенций. В 1964 г. по поручению папы составленный текст был доработан кардиналом Шарлем Журне; во время четвёртой сессии Собора в октябре 1965 г. его представили для рассмотрения национальным епископским конференциям под названием «Positio de sacrarum indulgentiarum recognitione» («Положение о понимании священных индульгенций»). Хотя данный документ уже не имел статуса схемы, 9–13 ноября его содержание обсуждалось на Соборе для определения общих принципов реформы системы индульгенций в послесоборный период. «Positio...» встретил критику со стороны немецких и английских участников Собора и богословов, призывавших к отходу от традиционных богословских определений индульгенций, а также от какого-либо их количественного исчисления. Некоторые немецкие епископы предлагали дать новое понимание индульгенции как «дара и помощи Бога кающемуся грешнику», которое было бы приемлемо для развития начатого Собором экуменического диалога с протестантами. Отсутствие индульгенций в восточной покаянной практике и необходимость изменения их норм для восточных католических церквей были отмечены мелькитским католическим Антиохийским патриархом Максимом IV. Значительное влияние на формулировку современного учения об индульгенции оказали работы католических богословов Карла Ранера и Б. Пошмана. Критикуя механическое (за совершение каких-либо действий) и юридическое (в силу юрисдикции или «власти ключей») восприятие индульгенции, они предлагали рассматривать действенность индульгенций в самом раскаянии грешника (внутреннем расположении его совести) и принимаемом им таинстве покаяния, а способ её получения – в молитвенном заступничестве церкви за кающегося, т.е. в молитве об уменьшении ему временного наказания за отпущенные грехи. Подчёркивая важность постоянного покаяния в грехах, Б. Пошман выражал сомнение в безошибочном характере индульгенции, поскольку, с его точки зрения, мера оставления кающемуся вины за грех зависит от неведомого человеку Божественного суда и милосердия и от степени внутреннего раскаяния самого человека.