В некоторых случаях для предотвращения злоупотреблений индульгенциями на местах вмешивались Римские папы. В 1330 г. папа Иоанн XXII провёл судебный процесс против госпиталитов ордена св. Иакова из Альтопашо (Тоскана, Италия), своевольно расширивших дарованные им по предоставлению индульгенций привилегии. В 1420 г. папа Римский Мартин V осудил как «святотатственную дерзость» попытку Кентерберийского архиепископа Генриха издать полную индульгенцию по образцу римской юбилейной. В 1468 г. папа Римский Павел II изъял из-под действия всех индульгенций тяжкие преступления против веры и церкви (это постановление было подтверждено в 1478 г. папой Сикстом IV). Злоупотребления, связанные с индульгенциями, вызывали протесты в католической церкви и в обществе, подрывали положение папства, став одним из поводов для начала Реформации. Отрицание власти папы и епископов выдавать индульгенции и призыв к отказу от практики индульгенций как «бессмысленной» и сравнимой с симонией высказывались Джоном Уиклифом, идеи которого были поддержаны и развиты Яном Гусом. Констанцский собор, осудивший их взгляды, в том числе и на индульгенции, подтвердил учение о власти папы даровать индульгенции для отпущения грехов всем христианам, подлинно сокрушённым, которые исповедовались», особенно при совершении ими паломничеств. Популярность индульгенций среди простого народа позволяла Папскому престолу и епископам всё больше увеличивать количество индульгенций, которые оставались одним из основных источников церковного дохода. Наибольшего распространения торговля грамотами об индульгенциях достигла в конце XV – XVI вв., что было связано с постоянной нехваткой средств в папской казне, вызванной в том числе строительством собора св. Петра в Риме и подготовкой к Крестовому походу против турок. В Германии другой важной причиной начала широкой торговли индульгенциями стала покупка Магдебургским архиепископом Альбрехтом Бранденбургским архиепископства и курфюршества Майнц, дававшего княжеские права (1514 г.). Для погашения кредита в 29 тыс. дукатов, выданного банкирским домом Фуггеров, архиепископ Альбрехт получил в 1515 г. от папы Римского Льва X дозволение на распространение в течение пяти лет папской индульгенции в Бранденбургском и Магдебургском архиепископствах; при этом половина полученных сумм от продажи грамот должна была отдаваться на строительство собора св. Петра (такие грамоты получили название «Petersablass»). Отток денежных средств из Германии в Рим был столь велик, что, например, саксонский курфюрст Фридрих III Мудрый запретил в своих владениях продажу этих индульгенций. С января 1517 г. в Магдебургском архиепископстве активной продажей папских грамот об индульгенциях руководил доминиканец Иоганн Тетцель, утверждавший в проповедях, что папская индульгенция способна простить самые страшные грехи, приобретающие её становятся «чище, чем после крещения, и даже чище, чем Адам в раю», а также что покупка индульгенции сразу открывает душе умершего рай («как только гроши зазвенят, попадая в ящик, так их душа сей же час вылетает из чистилища»).