Буллой «Exsurge Domine» от 15 июня 1520 г. папа осудил учение Мартина Лютера, в том числе относительно его трактовки индульгенций как «благочестивого обмана», не имеющего значения для отпущения наказания за совершаемые грехи, необходимого лишь людям, закоренелым в тяжких грехах и не склонным к раскаянию. Впоследствии учение о сокровище церкви было подтверждено папой Римским Пием VI в булле «Auctorem Fidei» (1794 г.), осуждавшей определения сторонников янсенизма на Пистойском синоде (1786 г.), в которых индульгенция сводилась лишь к снятию канонических наказаний (епитимии) за исповеданные грехи и отрицалась иная действенность индульгенций (в том числе для душ умерших), а учение о сокровищнице церкви называлось «изобретением хитроумной учёности». Реформация повлияла на сильное сокращение числа предоставляемых индульгенций. В 1525 г. в связи с юбилейным годом папа Римский Каллист VII не установил каких-либо требований для полной индульгенции, разрешив паломникам в Рим самостоятельно определять размер пожертвований за её получение. 16 июля 1562 г. Тридентский собор (1545–1563 гг.), констатировав, что ранее принятые постановления по искоренению злоупотреблений квесторов не принесли результата, полностью запретил их деятельность и предписал, чтобы грамоты об индульгенциях издавались только правящими епископами, а сбор пожертвований за их получение возложил на двух каноников капитула, которым воспрещалось получать за это какое-либо вознаграждение. 4 декабря 1563 г. Собор принял декрет об индульгенциях, где провозглашалось, что использование индульгенций «особо спасительно» для верующих, а власть предоставлять их была дарована Христом церкви и осуществлялась ею с древнейших времён, поэтому Собор предписал, чтобы практика индульгенций продолжала сохраняться. Собор анафематствовал тех, кто отрицают необходимость индульгенций или оспаривают власть церкви даровать их, а также выразил желание ужесточить практику предоставления индульгенций, «чтобы слишком лёгкое их получение не ослабляло церковной дисциплины». Декрет обязал епископов обсудить на провинциальных Соборах меры по борьбе со злоупотреблениями в практике индульгенций и сообщить о принятых решениях Римскому папе, на которого возлагалась ответственность по искоренению злоупотреблений во всей католической церкви. Во исполнение решений Тридентского собора папа Римский Пий V буллой «Etsi Dominus» (1567 г.) запретил предоставление индульгенций за пожертвования, конституцией «Quam plenum» (2 января 1569 г.) объявил отлучение всякому, кто будет торговать индульгенциями, а в 1570 г. отменил издание индульгенций в виде каких-либо особых грамот.