Утверждения Иоганна Тетцеля были отвергнуты Мартином Лютером в обнародованном 31 октября 1517 г. «Диспуте о силе индульгенций», более известном как «95 тезисов». Мартин Лютер ещё не отрицал правомерность и действенность самих индульгенций (тезис 71), но осуждал злоупотребления квесторов, которые, по его убеждению, были неизвестны папе, т.к. иначе он «предпочёл бы, чтобы сожгли собор св. Петра... нежели строили его из кожи, мяса и костей его паствы» (тезис 50). Мартин Лютер требовал от епископов и пресвитеров контроля над квесторами, чтобы вместо наставлений папы они не проповедовали «свои собственные мечтания» (тезис 70). Признавая действенность папских индульгенций, он уточнял, что папа посредством индульгенций может отпускать наказания за грехи только в конкретных случаях, освобождая от наказания, наложенного церковью, но не Богом (тезисы 6, 38). В то же время закладывал основу для дальнейшей критики учения об индульгенций в протестантизме: Мартин Лютер отвергал возможность отпущения вины за грехи умирающему (тезисы 8–10, 13), возможность сокращения времени страданий в чистилище посредством индульгенции (тезисы 18–22), восприятие индульгенции как «гарантии» спасения (тезис 32), уравнивание платы за индульгенцию с делами милосердия (тезис 42). Помимо этого он отрицал учение о сокровище церкви, откуда папа раздаёт индульгенции, поскольку её содержание никому неизвестно, а заслуги Христа и святых даруют благодать и без папского посредничества (тезисы 56–60); «сокровища» же индульгенции – «это сети, которыми в наше время ловят богатство людей» (тезис 66). Мартин Лютер также утверждал, что искренне раскаявшийся в грехах получает в исповеди полное прощение как вины, так и наказания за грех и без индульгенции, т.к. «каждый христианин причастен ко всем благам Христа и церкви» (тезисы 12, 36–37). В Швейцарии поводом для критики индульгенций стала деятельность и злоупотребления продавца папских грамот об индульгенциях францисканца Бернардина Сансона в 1518–1519 гг. Против индульгенций высказывался реформатор Ульрих Цвингли, под влиянием которого в 1521 г. городской совет Цюриха запретил торговлю грамотами об индульгенциях. Полемика с протестантами повлияла на дальнейшее развитие католического учения об индульгенциях и о «сокровищнице заслуг». В декрете «Cum postquam» (9 ноября 1518 г.) папа Лев X дал разъяснение учения об индульгенциях, подчеркнув, что папа Римский, «в силу владения ключами, открывающими врата в Царство Небесное», может избавлять верных от временной кары за грехи посредством индульгенций, получаемых «от преизбытка заслуг Христа и святых»; эти индульгенции предоставляются живым через отпущение грехов и наказаний (per modum absolutionis), а душам, находящимся в чистилище, – посредством заступничества (per modum suffragii).